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海洋细菌属假交替单胞菌属全基因组测序及比较基因组学研究
 
     论文目录
 
摘要第9-13页
Abstract第13-17页
符号说明及缩写词第18-19页
第一章 研究背景和立题依据第19-41页
    1.1 假交替单胞菌属第19-28页
        1.1.1 分类第19-21页
        1.1.2 全球地理分布第21-22页
        1.1.3 生理特点第22-26页
        1.1.4 应用潜力第26-27页
        1.1.5 基因组学研究现状第27-28页
    1.2 细菌染色体复制第28-37页
        1.2.1 经典的双向复制机制第28-30页
        1.2.2 染色体复制的相关体系及组分第30-32页
        1.2.3 假交替单胞菌属的染色体复制第32-33页
        1.2.4 多染色体细菌的研究概况第33-34页
        1.2.5 染色体复制与染色体结构的相互作用第34-36页
        1.2.6 DNA复制方式的预测方法第36-37页
    1.3 立题依据及研究内容第37-41页
        1.3.1 立题依据第37-39页
        1.3.2 研究内容第39-41页
第二章 假交替单胞菌属模式菌株的全基因组测序与拼接第41-63页
    2.1 引言第41页
    2.2 实验材料、试剂和仪器第41-44页
        2.2.1 菌株第41页
        2.2.2 参考基因组序列第41页
        2.2.3 培养基第41-42页
        2.2.4 主要试剂和试剂盒第42-43页
        2.2.5 主要仪器设备第43页
        2.2.6 数据库和分析软件第43-44页
    2.3 实验方法第44-48页
        2.3.1 菌株的获取、鉴定与保藏第44-45页
        2.3.2 基因组DNA提取第45页
        2.3.3 Solexa基因组测序第45页
        2.3.4 Solexa测序原始数据拼接第45-46页
        2.3.5 基因组Inter-scaffold Gaps补缺第46-47页
        2.3.6 基因组Intra-scaffold Gaps补缺第47-48页
        2.3.7 基因组质量检测第48页
    2.4 结果与分析第48-60页
        2.4.1 Solexa文库构建及初步拼接的基因组概况第48-51页
        2.4.2 基因组完成图绘制第51-57页
        2.4.3 基因组概况第57-60页
        2.4.4 产色素与不产色素两大类群的基因组比较第60页
    2.5 讨论第60-63页
第三章 全基因组功能注释与比较分析第63-81页
    3.1 引言第63页
    3.2 实验材料和仪器第63-65页
        3.2.1 实验对象第63-64页
        3.2.2 主要仪器设备第64页
        3.2.3 数据库和分析软件第64-65页
    3.3 实验方法第65-67页
        3.3.1 蛋白编码基因的预测第65页
        3.3.2 非编码RNA预测第65页
        3.3.3 直系同源基因家族分析第65-66页
        3.3.4 系统发育分析第66页
        3.3.5 COG基因功能分类分析第66页
        3.3.6 其他基因组功能注释第66-67页
        3.3.7 基因组网上提交第67页
    3.4 结果与分析第67-79页
        3.4.1 全基因组功能注释概况第67-73页
        3.4.2 系统发育分析第73-74页
        3.4.3 两大类群的COG基因功能分类的比较分析第74-77页
        3.4.4 大小染色体的COG基因功能分类的比较分析第77-79页
    3.5 讨论第79-81页
第四章 全基因组代谢通路重建与比较分析第81-101页
    4.1 引言第81页
    4.2 实验材料和仪器第81-82页
        4.2.1 实验对象第81页
        4.2.2 主要试剂和试剂盒第81-82页
        4.2.3 主要仪器设备第82页
        4.2.4 数据库和分析软件第82页
    4.3 实验方法第82-84页
        4.3.1 全基因组代谢通路重建第82-83页
        4.3.2 同源基因分析第83页
        4.3.3 生理生化实验第83-84页
    4.4 结果与分析第84-98页
        4.4.1 葡萄糖基本代谢途径分析第84-89页
        4.4.2 其他糖类物质代谢途径分析第89-90页
        4.4.3 脂类代谢分析第90-92页
        4.4.4 氨基酸代谢分析第92-93页
        4.4.5 氮源与硫源代谢分析第93-94页
        4.4.6 全基因组代谢通路重建第94-96页
        4.4.7 生理生化实验第96-98页
    4.5 讨论第98-101页
第五章 染色体复制与染色体结构分析第101-139页
    5.1 引言第101页
    5.2 实验材料和仪器第101-103页
        5.2.1 实验对象第101-102页
        5.2.2 主要仪器设备第102页
        5.2.3 数据库和分析软件第102-103页
    5.3 实验方法第103-106页
        5.3.1 碱基组成分析第103页
        5.3.2 复制起始位点与终止位点分析第103-104页
        5.3.3 多染色体细菌的复制方式分析第104-105页
        5.3.4 直系同源基因家族分析与系统发育分析第105页
        5.3.5 共线性分析第105-106页
    5.4 结果与分析第106-134页
        5.4.1 复制体系第106-111页
        5.4.2 小染色体普遍为单向复制第111-117页
        5.4.3 种P.spongiae小染色体为双向复制第117-119页
        5.4.4 复制方向的实验验证第119-122页
        5.4.5 染色体同源性分析第122-129页
        5.4.6 同源区段分析第129-131页
        5.4.7 非同源区段和重组热点分析第131-133页
        5.4.8 大小染色体的协同复制第133-134页
    5.5 讨论第134-139页
        5.5.1 小染色体复制方向的多样性第134-135页
        5.5.2 假交替单胞菌属的进化历程的推测第135-139页
第六章 菌株Neptunomonas antarctica S3-22~T适应南极海洋沉积物环境的遗传机制第139-147页
    6.1 引言第139页
    6.2 实验材料和仪器第139-140页
        6.2.1 实验对象第139页
        6.2.2 主要仪器设备第139页
        6.2.3 数据库和分析软件第139-140页
    6.3 实验方法第140-141页
        6.3.1 菌株的培养、鉴定与基因组DNA提取第140页
        6.3.2 基因组测序与拼接第140-141页
        6.3.3 全基因组功能注释第141页
    6.4 结果与分析第141-144页
        6.4.1 基因组概况第141-142页
        6.4.2 适应南极海洋沉积物环境的遗传机制第142-144页
    6.5 讨论第144-147页
全文总结与展望第147-149页
    一、本论文取得的创新性结果第147页
    二、展望第147-149页
附录第149-163页
参考文献第163-173页
在读期间发表的论文和专利第173-175页
致谢第175-176页
学位论文评阅及答辩情况表第176页

 
 
论文编号BS4117000,这篇论文共176
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