| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-34页 |
| 1.1 环孢子虫病和隐孢子虫病 | 第11-12页 |
| 1.2 环孢子虫和隐孢子虫的系统发育地位 | 第12-13页 |
| 1.3 环孢子虫和隐孢子虫的生活史 | 第13-15页 |
| 1.4 顶复门原虫的全基因组研究进展 | 第15-16页 |
| 1.5 顶复门原虫的线粒体及顶质体 | 第16-17页 |
| 1.5.1 线粒体 | 第16页 |
| 1.5.2 顶质体 | 第16-17页 |
| 1.6 顶复门原虫细胞中主要物质代谢途径 | 第17-26页 |
| 1.6.1 胞浆中的能量物质代谢途径 | 第17-19页 |
| 1.6.2 线粒体中的主要物质代谢途径 | 第19-21页 |
| 1.6.3 顶质体中的主要物质代谢途径 | 第21-24页 |
| 1.6.4 氨基酸代谢途径 | 第24-25页 |
| 1.6.5 嘌呤和嘧啶代谢途径 | 第25页 |
| 1.6.6 蛋白质翻译后糖基化修饰 | 第25-26页 |
| 1.6.7 辅酶、维生素和其它物质代谢途径 | 第26页 |
| 1.7 顶复门原虫侵入宿主细胞的潜在机制 | 第26-30页 |
| 1.7.1 顶复门原虫分泌型细胞器 | 第26-27页 |
| 1.7.2 侵入宿主细胞的基本过程 | 第27页 |
| 1.7.3 表面抗原蛋白 | 第27-28页 |
| 1.7.4 肌动-肌球蛋白马达与运动结 | 第28-29页 |
| 1.7.5 用于调控宿主细胞的分泌型蛋白因子 | 第29-30页 |
| 1.7.6 隐孢子虫侵入宿主细胞的特殊机制 | 第30页 |
| 1.8 顶复门原虫相关药物和疫苗的设计靶点 | 第30-31页 |
| 1.9 本课题主要的研究内容和意义 | 第31-34页 |
| 第2章 卡耶塔环孢子虫的全基因组测序及比较基因组研究 | 第34-63页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 分析软件与方法 | 第34-37页 |
| 2.2.1 全基因组测序数据的组装与拼接 | 第34页 |
| 2.2.2 外源污染的剔除及基因组结构的预测 | 第34-36页 |
| 2.2.3 蛋白质编码基因的预测及注释 | 第36-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-62页 |
| 2.3.1 卡耶塔环孢子虫全基因组概况 | 第37-39页 |
| 2.3.2 卡耶塔环孢子虫与常见顶复门原虫的基因组结构比较 | 第39-42页 |
| 2.3.3 卡耶塔环孢子虫基因组蛋白功能注释 | 第42-44页 |
| 2.3.4 卡耶塔环孢子虫与常见顶复门原虫细胞中主要物质代谢途径的比较 | 第44-55页 |
| 2.3.5 卡耶塔环孢子虫侵入宿主细胞的潜在机制 | 第55-62页 |
| 2.4 本章小结 | 第62-63页 |
| 第3章 泛在隐孢子虫和安氏隐孢子虫的全基因组测序及比较基因组研究 | 第63-90页 |
| 3.1 引言 | 第63页 |
| 3.2 分析软件与方法 | 第63-66页 |
| 3.2.1 全基因组测序数据的组装拼接 | 第63-64页 |
| 3.2.2 重叠群核酸序列到参考基因组的映射及外源核酸污染的剔除 | 第64页 |
| 3.2.3 非编码RNA基因和其它结构性参数的预测 | 第64页 |
| 3.2.4 蛋白质编码基因的预测及功能注释 | 第64-66页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第66-88页 |
| 3.3.1 泛在隐孢子虫和安氏隐孢子虫基因组概况 | 第66页 |
| 3.3.2 泛在隐孢子虫及安氏隐孢子虫与常见顶复门原虫的基因组结构比较 | 第66-68页 |
| 3.3.3 泛在隐孢子虫及安氏隐孢子虫基因组的蛋白功能注释 | 第68-69页 |
| 3.3.4 直系同源基因的分布和系统发育进化关系 | 第69-71页 |
| 3.3.5 隐孢子虫细胞中主要物质代谢途径的差异 | 第71-83页 |
| 3.3.6 隐孢子虫侵入宿主细胞相关蛋白家族的比较 | 第83-88页 |
| 3.4 本章小结 | 第88-90页 |
| 第4章 结论与展望 | 第90-92页 |
| 4.1 主要结论 | 第90页 |
| 4.2 论文创新点 | 第90-91页 |
| 4.3 展望 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-107页 |
| 攻读博士学位期间的主要研究成果 | 第107-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 附录一 | 第110-111页 |
| 附录二 | 第111-112页 |
| 附录三 | 第112-116页 |
| 附录四 | 第116-119页 |
| 附录五 | 第119-121页 |
| 附录六 | 第121-122页 |
| 附录七 | 第122页 |
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