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应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化
 
     论文目录
 
摘要第1-8页
Abstract第8-16页
第一章 综述第16-34页
 1 线粒体基因组第16-21页
   ·鱼类线粒体基因组结构和特点第16-18页
   ·线粒体基因组的重组和重排第18-20页
     ·线粒体基因组的重组第18页
     ·动物线粒体基因的重排第18-20页
   ·线粒体基因组用于分子标记第20-21页
     ·利用基因排序作为分子标记第20页
     ·线粒体基因组序列作为分子标记第20-21页
 2 分子系统学研究方法第21-24页
   ·分子系统学简介第21页
   ·分子系统发育的研究方法第21-24页
     ·距离法(Distance-based method)第22页
     ·最大简约法(Maximum Parsimony method)第22页
     ·最大似然法(Maximum-Likelihood method)第22-23页
     ·贝叶斯推断(Bayesian Inference)第23-24页
 3 鲽形目分类的研究进展第24-26页
   ·鲽形目介绍第24页
   ·鲽形目鱼类起源和进化的研究第24-25页
   ·鳎类起源和进化的研究进展第25-26页
 4 线粒体控制区和串联重复序列特征及其研究进展第26-30页
   ·重复序列介绍第26页
     ·基因组中的重复序列第26页
     ·串联重复序列第26页
     ·串联重复序列术语的定义第26页
   ·线粒体重复区特征及产生机制第26-30页
     ·滑链错配模型(slipped-strand mispairing)第27-28页
     ·非正常延伸模型(illegitimate elongation model)第28-29页
     ·非正常起始模型(Improper initiation model)第29-30页
 参考文献第30-34页
第二章 大菱鲆线粒体基因组全序列特征及鲽形目在硬骨鱼中分类地位的研究第34-64页
 引言第34-35页
 1 材料方法第35-40页
   ·材料第35页
   ·方法第35-38页
   ·序列分析第38页
   ·比较tRNA 和COI 序列的系统发育适用性的方法第38页
   ·分析方法第38-40页
 2 结果第40-57页
   ·大菱鲆线粒体基因组特点及结构第40-41页
   ·蛋白质编码基因第41-43页
   ·大菱鲆基因组rRNA、tRNA 及控制区特征第43-46页
   ·tRNA 系统发育适用性分析第46-57页
     ·系统发育信息检验第46-49页
     ·比较利用tRNA 和COI 基因构建的系统发育树第49页
     ·鲽形目起源分析第49-57页
 3 讨论第57-59页
   ·线粒体全序列的特征第57页
   ·tRNA 系统发育适用性讨论第57-58页
   ·鲽形目起源相关讨论第58-59页
 参考文献第59-64页
第三章 舌鳎亚科控制区快速进化及重复序列可能的延伸机制第64-76页
 引言第64-65页
 1 材料方法第65-66页
   ·取样、提取DNA、PCR 扩增及测序第65页
   ·序列拼接及分析方法第65-66页
 2 结果第66-71页
   ·四种类舌鳎亚科鱼类控制区的基本特征第66-68页
   ·控制区序列的功能保守区域和重复序列特征第68-71页
 3 讨论第71-74页
   ·舌鳎类控制区的高速变异第71-72页
   ·重复序列的特征及推测的延伸过程第72-74页
 参考文献第74-76页
第四章 十种鳎亚目全序列特征及推测的的基因重排过程第76-138页
 引言第76-77页
 1 材料与方法第77-80页
   ·材料及DNA 提取第77-78页
   ·PCR 扩增、克隆及测序第78-79页
   ·序列拼接及基本信息分析方法第79页
   ·构建系统发育树第79-80页
 2 结果与讨论第80-136页
   ·两种鳎科鱼类线粒体基因组结构、碱基组成及密码子的使用第80-89页
     ·峨眉条鳎(Zebrias quagga) 线粒体基因组特征第80-83页
     ·日本钩嘴鳎(Heteromycteris japonicus) 线粒体基因组特征第83-89页
   ·五种舌鳎属鱼类线粒体基因组结构及碱基组成及密码子的使用第89-114页
     ·斑头舌鳎(Cynoglossus puncticeps) 线粒体基因组特征第89-94页
     ·舌鳎sp (Cynoglossus sp.) 线粒体基因组特征第94-99页
     ·双线舌鳎(Cynoglossus bilineatus) 线粒体基因组特征第99-104页
     ·短吻三线舌鳎(Cynoglossus abbreviatus) 线粒体基因组特征第104-109页
     ·中华舌鳎(Cynoglossus sinicus) 线粒体基因组特征第109-114页
   ·三种须鳎属鱼类线粒体基因组结构及碱基组成及密码子的使用第114-129页
     ·短钩须鳎(Paraplagusia blochii) 线粒体基因组特征第114-119页
     ·长钩须鳎(Paraplagusia bilineata) 线粒体基因组特征第119-124页
     ·日本须鳎(Paraplagusia japonica) 线粒体基因组特征第124-129页
   ·十种鳎类线粒体基因组比较分析第129-131页
   ·推测的舌鳎基因重排的过程和可能的机制第131-136页
     ·鳎亚目鱼类聚类分析第131-134页
     ·舌鳎类基因重排的过程推测第134-136页
 参考文献第136-138页
第五章 鲽亚目鱼类重复区特征及脊椎动物重复序列的产生和延伸机理第138-153页
 引言第138-139页
 1 材料方法第139-140页
   ·取样、提取 DNA、PCR 扩增及测序第139页
   ·序列分析第139-140页
 2 结果第140-144页
   ·角木叶鲽的重复序列特征第140-142页
   ·GenBank 中脊椎动物线粒体重复序列特征第142-144页
 3 讨论第144-150页
   ·角木叶鲽重复区进化的可能过程第144页
   ·GenBank 数据中的重复序列讨论第144-145页
   ·现有模型适用性分析第145-146页
   ·改进的线粒体重复序列产生、延伸和删减模型暂停解链错配模型(Pause-Melting Misalignment model)第146-150页
     ·重复序列的延伸和删减过程第147页
     ·重复序列可能的产生过程第147-149页
     ·暂停解链错配模型的一些扩展第149-150页
 参考文献第150-153页
致谢第153-155页
个人简历第155页

 
 
论文编号BS2912,这篇论文共155
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