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当前位置:教育论文中心首页--博士论文--香蕉枯萎病菌进化研究和Foc TR4致病相关效应蛋白的鉴定及功能分析
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香蕉枯萎病菌进化研究和Foc TR4致病相关效应蛋白的鉴定及功能分析
 
     论文目录
 
摘要第3-6页
Abstract第6-8页
第一章 前言第15-25页
    1.1 香蕉枯萎病概况第15-17页
    1.2 真菌病原菌与植物互作免疫系统第17-19页
    1.3 效应因子研究进展第19-24页
        1.3.1 基因对基因假说第19-20页
        1.3.2 真菌效应蛋白研究进展第20-24页
    1.4 研究目的与意义第24-25页
第二章 香蕉枯萎病菌基因组重测序及生物信息学分析第25-48页
    2.0 引言第25页
    2.1 实验材料与试剂第25-28页
    2.2 实验方法第28-31页
        2.2.1 病原菌基因组DNA提取第28页
        2.2.2 尖孢镰刀菌群基因组测序与重测序第28-29页
        2.2.3 测序数据质量评估第29页
        2.2.4 基因组组装第29页
        2.2.5 CORE和LS- REGION的区分第29-30页
        2.2.6 不同菌株交配型的鉴定第30页
        2.2.7 全基因组SNP及进化树的绘制第30页
        2.2.8 效应蛋白预测第30-31页
    2.3 结果与分析第31-45页
        2.3.1 测序质量评估分析第31页
        2.3.2 LS区域和CORE区域划分第31-33页
        2.3.3 LS区域的基因功能分析第33-34页
        2.3.4 香蕉枯萎病镰刀菌群进化分析第34-40页
        2.3.5 异宗配合真菌交配型位点分析第40-41页
        2.3.6 不同生理小种类型FOC菌株效应蛋白生物信息学分析第41-45页
    2.4 小结与讨论第45-48页
第三章 FOC TR4与不同感抗水平香蕉互作机理研究第48-63页
    3.1 材料与方法第48-49页
        3.1.1 供试材料第48页
        3.1.2 主要仪器与试剂第48-49页
    3.2 实验方法与步骤第49-50页
        3.2.1 香蕉水培第49页
        3.2.2 香蕉枯萎病菌培养第49页
        3.2.3 激光共聚焦显微镜观察病原菌侵染过程第49页
        3.2.4 RNA提取第49页
        3.2.5 数字基因表达谱测序及生物信息学分析第49-50页
        3.2.6 REAL TIME PCR验证候选效应蛋白表达模式第50页
    3.3 结果与分析第50-61页
        3.3.1 香蕉枯萎病菌(FOC TR4)侵染巴西蕉过程第50-53页
        3.3.2 数字基因表达谱测序质量分析第53页
        3.3.3 侵染过程中效应蛋白的鉴定第53页
        3.3.4 效应蛋白表达模式第53-61页
            3.3.4.1 参与降解植物细胞壁组分的效应蛋白第54-58页
            3.3.4.2 胞吞作用相关效应蛋白第58页
            3.3.4.3 活性氧清除相关效应蛋白第58-59页
            3.3.4.4 菌自身保护相关效应蛋白第59-60页
            3.3.4.5 其他功能未知效应蛋白第60-61页
    3.4 小结与讨论第61-63页
第四章 热带4号生理小种效应蛋白功能分析第63-91页
    4.1 材料与方法第63-74页
        4.1.1 供试材料第63页
        4.1.2 主要仪器与试剂第63-65页
        4.1.3 RNA提取与反转录第65页
        4.1.4 目的片段扩增第65-66页
        4.1.5 PET28载体与目的基因连接第66页
        4.1.6 大肠杆菌感受态制备、转化及转化子验证第66页
        4.1.7 目的蛋白诱导表达第66-67页
        4.1.8 SDS-PAGE检测目的蛋白的表达第67页
        4.1.9 目的蛋白大量诱导表达第67页
        4.1.10 FOC敲除突变体的获得第67-71页
            4.1.10.1 候选基因的敲除第67-69页
            4.1.10.2 原生质体制备与转化第69-70页
            4.1.10.3 敲除突变体回补菌株的获得第70-71页
        4.1.11 转化子鉴定第71页
        4.1.12 突变体表型分析第71-73页
        4.1.13 FOC分泌毒素次生代谢物分析第73-74页
    4.2 结果与分析第74-89页
        4.2.1 香蕉枯萎病菌效应蛋白基因克隆及重组质粒构建第74页
        4.2.2 效应蛋白的原核表达第74-75页
        4.2.3 原核表达蛋白接种香蕉叶片可操作性验证第75-76页
        4.2.4 坏死效应蛋白的筛选第76-80页
        4.2.5 候选基因的敲除第80页
        4.2.6 目的基因敲除突变体表型分析及致病力鉴定第80-86页
        4.2.7 BEA生物合成限速酶BBEAS第86-87页
        4.2.8 BBEAS基因敲除突变体表型分析第87-88页
        4.2.9 BBEAS基因敲除突变体毒素合成量与致病性第88-89页
    4.3 小结与讨论第89-91页
第五章 全文结论与讨论第91-93页
致谢第93-94页
参考文献第94-101页
附表1 香蕉枯萎病菌基因组重测序测序数据质量、深度及覆盖度统计第101-105页
附表2 转录组数据比对统计分析第105-107页
附表3 107个效应蛋白信息第107-114页
附表4 敲除的基因所用引物第114-117页
附录5 木霉菌与感FOC TR4香蕉组织固态发酵可阻止病原传播第117-131页
附录6 攻读博士学位论文期间发表的研究论文第131页

 
 
论文编号BS2912962,这篇论文共131
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