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当前位置:教育论文中心首页--博士论文--蛋白质和DNA以及蛋白质和蛋白质的分子动力学模拟研究
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蛋白质和DNA以及蛋白质和蛋白质的分子动力学模拟研究
 
     论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-13页
Chapter 1 Introduction第13-17页
   ·Quantum chemistry and biomolecular simulation第13-15页
   ·Issues in protein interactions第15-17页
Chapter 2 Theory and method第17-29页
   ·Overview第17页
   ·Quantum Mechanics第17-22页
     ·Hartree-Fock (HF)第18-19页
     ·Density Functional Theory (DFT)第19-20页
     ·Polarizable Continuum Model (PCM)第20-22页
     ·Generalized Born (GB) Solvation Model第22页
   ·Molecular Mechanics and AMBER Force Field第22-23页
   ·Polarized Protein-Specific Charges (PPC)第23-26页
   ·Polarized nucleic acid-Specific Charges (PNC)第26-29页
Chapter 3 Activation mechanism study of glucokinase by M197V mutation第29-41页
   ·Introduction第29-32页
   ·Theory and methods第32-34页
     ·Protein construction and MD simulation第32-33页
     ·DCCM第33页
     ·Calculation of binding free-energy第33-34页
   ·Results and discussion第34-39页
     ·The effect on conformation by M197V mutation第34-38页
     ·The effect on binding affinity by M197V mutation第38-39页
   ·Conclusion第39-41页
Chapter 4 Molecular dynamics simulation of non-specific and specific LacI-DNA complex第41-57页
   ·Introduction第41-42页
   ·Computational Methods第42-43页
     ·MD simulation第42-43页
     ·Calculation of binding free-energy第43页
   ·Result and discussion第43-54页
     ·The conformation analysis of non-specific and specific complex第43-45页
     ·The total hydrogen bond analysis for non-specific and specific complex第45-47页
     ·The affinity difference between the non-specific and specific complex第47-54页
     ·The affinity between Prod_1 and Prod_2第54页
   ·Conclusion第54-57页
Chapter 5 Molecular dynamics study of DNA binding by INT-DBD under polarized force field第57-73页
   ·Introduction第57-59页
   ·Computational Methods第59-61页
     ·MD simulation第59-60页
     ·Binding free energy calculation第60-61页
   ·Result and discussion第61-70页
     ·Conformational analysis第61-64页
     ·Binding free energy of INT-DBD and DNA第64-67页
     ·Dynamics of Protein-DNA hydrogen bonds第67-70页
   ·Conclusion第70-73页
Chapter 6 Interaction Specific Binding Hotspots in Endonuclease Colicin-Immunity ProteinComplex from IMD Simulations第73-89页
   ·Introduction第73-75页
   ·Theoretical Methods第75-77页
     ·MD simulation第75-76页
     ·Calculation of binding free-energy第76-77页
   ·Results and discussion第77-87页
     ·Dynamic stability of the E9-Im9 complex第77-78页
     ·Inter-protein hydrogen bonds in E9-Im9 complex第78-82页
     ·Effect of D51A mutation on stability of E9-Im9 complex第82-84页
     ·Effect of Y54A mutation on stability of E9-Im9 complex第84页
     ·Effect of Y55A mutation on stability of E9-Im9 complex第84-85页
     ·Binding energies calculated under standard AMBER force field第85-87页
   ·Conclusion第87-89页
Reference第89-101页
RELATED PUBLICATIONS第101-102页
Acknowledgement第102-103页

 
 
论文编号BS1916615,这篇论文共103
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