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当前位置:教育论文中心首页--博士论文--海洋细菌中有机氮降解与光能吸收关键蛋白的结构与功能研究
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海洋细菌中有机氮降解与光能吸收关键蛋白的结构与功能研究
 
     论文目录
 
目录第1-8页
中文摘要第8-13页
ABSTRACT第13-19页
缩略词表第19-21页
第一章 研究背景与立题依据第21-47页
   ·研究背景第21-42页
     ·海洋生态环境及其氮循环机制第21-23页
       ·海洋生态环境第21-22页
       ·海洋氮循环机制第22-23页
     ·海洋中能量固定过程与海洋中的藻类第23-24页
       ·海洋中能量的固定过程第23页
       ·海洋中的藻类第23-24页
     ·蛋白酶的分类与命名第24-25页
       ·蛋白酶的分类第24-25页
       ·蛋白酶的命名第25页
     ·蛋白酶的催化机制第25-28页
       ·丝氨酸蛋白酶的催化机制第25-27页
       ·金属蛋白酶的催化机制第27-28页
     ·蛋白酶的成熟机制第28-32页
       ·丝氨酸蛋白酶的成熟机制第28-29页
       ·金属蛋白酶的成熟机制第29-30页
       ·其它蛋白酶的成熟机制第30-32页
     ·Thermolysin家族金属蛋白酶第32页
       ·Thermolysin家族金属蛋白酶简介第32页
       ·Thermolysin家族金属蛋白酶成熟机制的研究第32页
     ·Subtilisin家族丝氨酸蛋白酶第32-34页
       ·Subtilisin家族蛋白酶简介第32-33页
       ·Subtilisin家族丝氨酸胶原蛋白酶第33-34页
     ·蓝藻的捕光复合体——藻胆体第34-42页
       ·蓝藻和红藻藻胆体的构成第34-36页
       ·藻胆体中的色素分子——藻胆素第36-37页
       ·藻胆体的主要功能组分——藻胆蛋白第37-38页
       ·藻胆体中的重要组分——连接蛋白第38-40页
       ·藻胆体的分子结构第40-41页
       ·藻胆体中的末端能量受体第41-42页
   ·立题依据与研究内容第42-47页
     ·立题依据第42-45页
       ·深海细菌Pseudoalteromonas sp.SM9913分泌的胞外蛋白酶成熟机制与底物识别机制第42-45页
       ·蓝藻捕光复合体藻胆体的组装机制第45页
       ·蛋白质晶体结构的解析与计算机模拟第45页
     ·研究内容第45-47页
第二章 MCP-02蛋白酶结晶及晶体结构分析第47-75页
   ·引言第47页
   ·材料与方法第47-55页
     ·表达质粒与菌株第47-48页
     ·主要药品和试剂盒第48页
     ·主要仪器和设备第48页
     ·主要分析软件第48页
     ·基因克隆、表达载体的构建和突变体构建第48-49页
     ·蛋白表达与纯化第49-50页
     ·蛋白质晶体筛选及优化第50-52页
     ·蛋白质晶体衍射数据收集第52-53页
     ·晶体结构解析、结构修正和数据提交第53页
     ·单独表达的前导肽同蛋白酶催化结构域相互作用分析第53-54页
     ·前导肽对催化结构域的抑制实验第54-55页
   ·结果与讨论第55-72页
     ·MCP-02在大肠杆菌中的表达及成熟过程的初步分析第55-57页
     ·能够稳定MCP-02成熟中间体的突变体筛选第57-58页
     ·MCP-02成熟酶结晶及结构分析第58-61页
       ·MCP-02成熟酶晶体生长及数据收集第58-59页
       ·MCP-02成熟酶的结构解析及修正第59-60页
       ·MCP-02成熟酶的结构分析第60-61页
     ·MCP-02剪切后复合体的结晶及结构分析第61-67页
       ·MCP-02剪切后复合体晶体生长及数据收集第61-62页
       ·MCP-02剪切后复合体结构解析及修正第62-63页
       ·MCP-02剪切后复合体的结构分析第63-67页
     ·MCP-02前导肽对催化结构域活力的抑制第67-69页
     ·MCP-02前导肽抑制催化结构域的分子机制第69-72页
   ·结论第72-75页
第三章 Thermolysin家族蛋白酶的成熟机制第75-89页
   ·引言第75页
   ·材料与方法第75-77页
     ·主要药品和试剂盒第75页
     ·主要的仪器设备第75页
       ·圆二色谱仪第75页
       ·大型超级计算机第75页
     ·用圆二色谱观察MCP-02自剪切过程中的构象变化第75-76页
     ·MCP-02酶原和剪切后复合体的变性温度测定第76页
     ·MCP-02酶原结构的分子动力学模拟第76-77页
     ·蛋白质氮端测序第77页
   ·结果与讨论第77-87页
     ·MCP-02自我剪切后的巨大的构象变化第77-78页
     ·MCP-02自我剪切后的构象变化是一个自由能驱动的过程第78-81页
     ·MCP-02酶原结构的模拟第81-82页
     ·MCP-02剪切后复合体的激活过程第82-84页
     ·金属蛋白酶MCP-02自成熟过程中活性中心的变化第84-86页
     ·金属蛋白酶MCP-02的自成熟机制第86-87页
   ·结论第87-89页
第四章 Subtilisin家族蛋白酶MCP-01催化结构域识别降解胶原蛋白底物的分子机制第89-101页
   ·引言第89页
   ·材料与方法第89-90页
     ·主要药品和试剂盒第89页
     ·主要仪器设备第89页
     ·胶原蛋白酶活力测定第89-90页
     ·MCP-01 CD对于可溶小肽底物的活性测定第90页
     ·MCP-01 CD对胶原蛋白酶解位点的测定第90页
   ·结果与讨论第90-100页
     ·MCP-01催化结构域结构分析第90-93页
     ·MCP-01底物结合口袋周围具有三个关键的loop第93-95页
     ·MCP-01催化结构域底物结合口袋氨基酸残基组成偏好性第95-97页
     ·MCP-01 CD对胶原蛋白降解机制的分析第97-100页
       ·MCP-01 CD降解可溶小肽的底物特异性分析第97-98页
       ·MCP-01 CD对胶原蛋白酶解位点的偏好性第98-100页
   ·结论第100-101页
第五章 Pfam00427结构域晶体结构的解析和Pfam00427-C-PC(α β)6七聚体模型的建立第101-119页
   ·引言第101页
   ·材料与方法第101-109页
     ·表达质粒和菌株第101-102页
     ·主要药品和仪器设备第102页
     ·Pfam00427晶体结构的解析第102-105页
       ·Pfam00427晶体结构的相位解析过程第102-104页
       ·Pfam00427晶体结构的模型搭建和结构精修第104-105页
     ·GST pull-down实验分析Pfam00427同C-PC之间的相互作用第105-108页
     ·Pfam00427-C-PC(αβ)_6七聚体模型的计算机模拟第108-109页
   ·结果与讨论第109-118页
     ·Pfam00427的结晶和结构分析第109-110页
     ·Pfam00427是一种新的全α-螺旋折叠类型第110-112页
     ·Pfam00427同C-PC(αβ)_6六聚体的刚性对接模型第112-113页
     ·Pfam00427-C-PC(αβ)_6七聚体最终模型的选择第113-116页
     ·Pfam00427-C-PC(αβ)_6七聚体分子动力学模拟及结构分析第116-118页
   ·结论第118-119页
第六章 蓝藻藻胆体杆的精细分子模型第119-127页
   ·引言第119页
   ·材料与方法第119-120页
     ·表达质粒和菌株第119页
     ·主要药品和仪器第119页
     ·Pfam01383与Pfam00427相互作用分析第119-120页
     ·连接蛋白L_(RT)(Pfam01383)的结构模拟第120页
   ·结果与讨论第120-125页
     ·Pfam01383-Pfam00427-C-PC(αβ)_6八聚体模型的建立第120-122页
     ·藻胆体杆的精细分子模型第122-125页
   ·结论第125-127页
第七章 连接蛋白LCM氮端结构域Pfam00502自色素化机制第127-139页
   ·引言第127-128页
   ·材料与方法第128-131页
     ·表达质粒和菌株第128页
     ·主要药品和仪器第128-129页
     ·藻胆素的表达第129页
     ·色素化LP502的制备第129页
     ·Western-Blot检测第129-130页
     ·锌离子染色技术第130页
     ·LP502脱辅基蛋白同色素分子相互作用的检测第130-131页
     ·色素化LP502的光谱检测第131页
   ·结果与讨论第131-137页
     ·PB-loop对LP502白色素化的影响第131-132页
     ·LP502白色素化位点的专一性和特异性第132-134页
     ·LP502中色素分子的结合位点和相互作用关键氨基酸第134-136页
     ·LP502能够自发的识别色素分子第136-137页
     ·LP502能够特异性结合藻胆素PCB第137页
   ·结论第137-139页
第八章 藻胆体末端能量受体的精细分子模型第139-147页
   ·引言第139页
   ·材料与方法第139-140页
     ·表达质粒和菌株第139页
     ·实验中使用的药品和仪器第139页
     ·LP502-PCB复合体的结构模拟第139-140页
     ·色素化LP502的光谱分析第140页
   ·结果与讨论第140-145页
     ·LP502-PCB复合体的模建和结构分析第140-143页
     ·LP502的S152C突变对其吸收光谱的影响第143-144页
     ·蓝藻藻胆体末端能量受体的分子结构模型第144-145页
   ·结论第145-147页
全文总结与课题展望第147-149页
参考文献第149-159页
博士期间所解析的结构列表第159-161页
在读期间论文发表及获奖情况第161-163页
致谢第163-165页
学位论文评阅及答辩情况表第165-167页
附录第167-201页

 
 
论文编号BS1793416,这篇论文共201
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