摘要 | 第4-6页 |
ABSTRACT | 第6-8页 |
第1章 绪论 | 第15-33页 |
1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第15-17页 |
1.1.1 课题背景 | 第15-17页 |
1.1.2 课题意义 | 第17页 |
1.2 复杂性状遗传分析相关概念简介 | 第17-24页 |
1.2.1 单核苷酸多态性位点 | 第17-19页 |
1.2.2 复杂性状 | 第19-20页 |
1.2.3 复杂性状关联基因筛选方法 | 第20-23页 |
1.2.4 遗传性缺失 | 第23-24页 |
1.3 国内外研究现状 | 第24-30页 |
1.3.1 关联分析方法 | 第24-27页 |
1.3.2 基因相互作用检测 | 第27-30页 |
1.4 本文主要研究内容 | 第30-33页 |
第2章 基于多元线性混合模型的多位点关联分析 | 第33-51页 |
2.1 引言 | 第33-34页 |
2.2 基于LMM和稀疏组lasso的多位点关联分析方法 | 第34-39页 |
2.2.1 方差比例系数δ的估计 | 第35-36页 |
2.2.2 关联系数β的估计 | 第36-37页 |
2.2.3 稀疏组lasso方法 | 第37页 |
2.2.4 表型值预测 | 第37页 |
2.2.5 复杂度分析 | 第37-38页 |
2.2.6 模型选择 | 第38-39页 |
2.3 实验与分析 | 第39-49页 |
2.3.1 仿真数据生成 | 第39-40页 |
2.3.2 性能评价指标 | 第40-41页 |
2.3.3 仿真实验结果及分析 | 第41-44页 |
2.3.4 真实数据获取及预处理 | 第44-45页 |
2.3.5 真实实验结果及分析 | 第45-49页 |
2.4 本章小结 | 第49-51页 |
第3章 基于因子分解机的上位效应检测的关联分析方法 | 第51-73页 |
3.1 引言 | 第51-53页 |
3.2 因子分解机简介 | 第53-61页 |
3.2.1 独热编码表示 | 第53-54页 |
3.2.2 因子分解机模型 | 第54-61页 |
3.3 基于FM模型的上位效应检测方法FMepi | 第61-66页 |
3.3.1 上位效应检测问题描述 | 第62-63页 |
3.3.2 FMepi方法流程 | 第63-66页 |
3.4 实验与分析 | 第66-71页 |
3.4.1 模拟数据生成 | 第66页 |
3.4.2 模拟实验结果及分析 | 第66-67页 |
3.4.3 真实数据获取及预处理 | 第67-70页 |
3.4.4 真实数据实验结果及分析 | 第70-71页 |
3.5 本章小结 | 第71-73页 |
第4章 基于距离相关系数的质量性状基因互作的关联分析方法 | 第73-93页 |
4.1 引言 | 第73-74页 |
4.2 基于基因整体的基因互作检测方法 | 第74-78页 |
4.2.1 质量性状下基因互作检测方法问题描述 | 第75页 |
4.2.2 几种主流基因-基因互作检测方法介绍 | 第75-78页 |
4.3 基于距离相关系数与置换检验策略的基因-基因互作检测方法GBDcor | 第78-82页 |
4.3.1 距离相关系数 | 第79-80页 |
4.3.2 GBDcor方法流程 | 第80-82页 |
4.4 实验与分析 | 第82-91页 |
4.4.1 仿真数据生成 | 第83-84页 |
4.4.2 性能评价指标 | 第84-86页 |
4.4.3 仿真实验结果及分析 | 第86-90页 |
4.4.4 真实数据获取及预处理 | 第90页 |
4.4.5 真实实验结果及分析 | 第90-91页 |
4.5 本章小结 | 第91-93页 |
第5章 基于U统计量的数量性状基因互作关联分析方法 | 第93-108页 |
5.1 引言 | 第93-94页 |
5.2 基于U统计量的度量集成学习不确定性方法 | 第94-96页 |
5.2.1 基因互作检测问题描述 | 第94-95页 |
5.2.2 U统计量 | 第95页 |
5.2.3 基于树模型的集成学习 | 第95-96页 |
5.3 基于U统计量和集成学习的基因互作检测方法GBUtrees | 第96-98页 |
5.4 实验与结果 | 第98-106页 |
5.4.1 对比方法 | 第98-100页 |
5.4.2 仿真模拟实验 | 第100-101页 |
5.4.3 仿真实验结果及分析 | 第101-104页 |
5.4.4 真实数据获取及预处理 | 第104-106页 |
5.4.5 真实实验结果及分析 | 第106页 |
5.5 本章小结 | 第106-108页 |
结论 | 第108-112页 |
参考文献 | 第112-127页 |
攻读博士学位期间发表的论文及其他成果 | 第127-130页 |
致谢 | 第130-132页 |
个人简历 | 第132页 |