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当前位置:教育论文中心首页--博士论文--亚洲棉12号染色体的重组装及比较分析揭示亚洲棉基因组染色体水平的错误组装
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亚洲棉12号染色体的重组装及比较分析揭示亚洲棉基因组染色体水平的错误组装
 
     论文目录
 
摘要第6-7页
Abstract第7页
Abbreviations第15-17页
CHAPTER 1 INTRODUCTION第17-47页
    1.1 Introduction of cotton第17-21页
        1.1.1 Cotton usage and consumption第17-19页
        1.1.2 Taxonomy and history of cotton第19-20页
        1.1.3 Genome size variations within the genus Gossypium第20-21页
    1.2 Sequencing of cotton genome第21-22页
    1.3 Recent advances in cotton genome sequencing (review)第22-27页
        1.3.1 Sequencing of diploid cotton genomes第23-24页
        1.3.2 Sequencing of tetraploid cotton genomes第24-26页
        1.3.3 Re-sequencing of different cotton species第26-27页
    1.4 De novo assembling of sequenced plant genome第27-32页
        1.4.1 Current challenges in plant genome assembly第28-30页
        1.4.2 Mis-assemblies in sequenced genomes第30-32页
    1.5 Mis-assemblies in sequenced cotton genomes第32-35页
    1.6 Reference assisted chromosome assembly第35-37页
    1.7 Comparative genomics第37-45页
        1.7.1 Comparative analysis of different cotton genomes (Review)第39-45页
    Objectives of Research第45-47页
CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS第47-63页
    2.1 Genome data of different cotton species第47页
    2.2 Assembling of G. arboreum chromosome 12 by genetic map第47-49页
        2.2.1 Good quality marker selection第47-48页
        2.2.2 Construction of linkage groups第48页
        2.2.3 Assignment of chromosome names to linkage groups第48-49页
    2.3 Assembling of G. arboreum chromosome 12 by reference assisted approach第49-52页
        2.3.1 Alignment with G. raimondii scaffolds第49-51页
        2.3.2 Alignment with G. raimondii and G. hirsutum chromosomes第51-52页
    2.4 Further correction of chromosome assembly第52-54页
    2.5 Final assembling of G. arboreum chromosome第54页
    2.6 Gene content of G. arboreum chromosome 12第54-55页
    2.7 Identification of orthologous genes第55页
    2.8 Evolution analysis第55-56页
    2.9 Collinear and syntenic relationship第56-60页
        2.9.1 BLASTP search第56页
        2.9.2 Commands for MCScan X第56-59页
        2.9.3 Classification of duplicate genes第59页
        2.9.4 Construction of dot plots第59页
        2.9.5 Construction of dual synteny plotter第59-60页
        2.9.6 Construction of circle plotter第60页
        2.9.7 Construction of bar plotter第60页
    2.10 Gene loss第60-61页
    2.11 Identification of TF-related gene families第61页
    2.12 Phylogenetic analysis of TF-related genes第61-62页
    2.13 Chromosomal distribution of TF-related genes第62-63页
CHAPTER 3 RESULTS第63-104页
    3.1. Re-assembling of G. arboreum chromosome 12第63-85页
        3.1.1 Construction of genetic map for re-assembling第63-72页
        3.1.2 Reference assisted approach for re-assembling第72-85页
    3.2. Gene content of G. arboreum chromosome 12第85-87页
        3.2.1 Identification of TF-related genes in G. arboreum chromosome 12第86-87页
    3.3. Evidences for improved assembly of G. arboreum chromosome第87-92页
        3.3.1 Collinearity and synteny analysis第87-91页
        3.3.2 Evolution analysis第91-92页
    3.4 Comparative analysis among chromosomes of different cotton species第92-104页
        3.4.1 Putative gene loss events第92页
        3.4.2 Phylogenetic analysis of transcription factor related genes第92-100页
        3.4.3 Chromosomal distribution of transcription factor related genes第100-104页
CHAPTER 4 DISCUSSION第104-114页
    4.1 Re-assembling of G. arboreum chromosome 12第104-106页
        4.1.1 Size of re-assembled G. arboreum chromosome 12第105-106页
        4.1.2 Gene content within G. arboreum chromosome 12第106页
    4.2 Evidences for improved assembly of G. arboreum chromosome第106-110页
        4.2.1 N50 for the anchored and oriented scaffolds第107页
        4.2.2 Synteny and collinearity with the chromosomes of different cotton species第107-108页
        4.2.3 Synteny and collinearity with the previous G. arboreum chromosome第108-109页
        4.2.4. Evolution analysis第109-110页
    4.3 Comparative analysis among chromosomes of different cotton species第110-114页
        4.3.1 Gene loss第110-111页
        4.3.2 Phylogenetic analysis among TF-related genes第111-112页
        4.3.3 Physical mapping of TF-related genes第112-114页
CONCLUSION第114-116页
REFERENCES (参考文献)第116-130页
ACKNOWLEDGEMENTS (致谢)第130-131页
CURRICULUM VITAE (作者简历)第131-134页
APPENDIX第134-145页

 
 
论文编号BS3841117,这篇论文共145
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