| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 1 前言 | 第15-33页 |
| 1.1 茄科青枯菌分布及其危害 | 第15-16页 |
| 1.1.1 茄科青枯菌分布 | 第15页 |
| 1.1.2 茄科青枯菌危害 | 第15-16页 |
| 1.2 茄科青枯菌特性 | 第16-21页 |
| 1.2.1 茄科青枯菌侵染特性 | 第16-18页 |
| 1.2.2 植物发病症状 | 第18页 |
| 1.2.3 病原菌传统分类及演化型分类框架 | 第18-21页 |
| 1.3 青枯菌致病相关因子 | 第21-26页 |
| 1.3.1 Ⅲ型分泌系统及其效应子 | 第21-24页 |
| 1.3.2 胞外多糖 | 第24页 |
| 1.3.3 细胞壁降解酶(CWDE)相关基因 | 第24页 |
| 1.3.4 运动性 | 第24-25页 |
| 1.3.5 青枯菌解毒基因 | 第25-26页 |
| 1.4 青枯菌群体感应下的表型转化 | 第26-30页 |
| 1.4.1 群体感应机制 | 第26-27页 |
| 1.4.2 青枯菌表型转化 | 第27-30页 |
| 1.5 青枯菌基因组学 | 第30-32页 |
| 1.5.1 青枯菌的基因组基本特征 | 第30页 |
| 1.5.2 青枯菌全基因组 | 第30-32页 |
| 1.5.3 基因水平转移与前噬菌体的作用 | 第32页 |
| 1.6 沙姜青枯病菌 | 第32-33页 |
| 1.7 本研究的目的及意义 | 第33页 |
| 2 材料与方法 | 第33-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第33-38页 |
| 2.1.1 菌株、质粒、引物及寄主植物 | 第33-35页 |
| 2.1.2 试剂、培养基和缓冲液 | 第35-38页 |
| 2.2 主要仪器 | 第38-39页 |
| 2.3 青枯菌菌株YC40-W、YC40-M重测序分析 | 第39-40页 |
| 2.4 青枯菌YC40-M基因组测序 | 第40-42页 |
| 2.4.1 基因组DNA提取 | 第40页 |
| 2.4.2 基因组序列测定及分析 | 第40-42页 |
| 2.5 自杀质粒构建 | 第42-47页 |
| 2.5.1 PhcA基因自杀质粒构建 | 第42-45页 |
| 2.5.2 ParA2基因自杀质粒构建 | 第45页 |
| 2.5.3 RSp801、RSp931、RSc2202基因自杀质粒构建 | 第45-47页 |
| 2.6 青枯菌YC40感受态细胞的制备及电击转化 | 第47页 |
| 2.7 突变体筛选及鉴定 | 第47-49页 |
| 2.7.1 PhcA基因突变体筛选及鉴定 | 第47-48页 |
| 2.7.2 ParA2基因突变体筛选及鉴定 | 第48页 |
| 2.7.3 RSp801、RSp931、RSc2202基因突变菌株的筛选及鉴定 | 第48-49页 |
| 2.8 基因功能互补菌株的筛选和鉴定 | 第49页 |
| 2.8.1 PhcA基因功能互补菌株的的筛选和鉴定 | 第49页 |
| 2.8.2 ParA2基因功能互补菌株的的筛选和鉴定 | 第49页 |
| 2.8.3 RSp801、RSp931、RSc2202基因功能互补菌株的的筛选和鉴定 | 第49页 |
| 2.9 基因的功能分析 | 第49-52页 |
| 2.9.1 PhcA基因功能分析 | 第49-52页 |
| 2.9.2 ParA2基因功能分析 | 第52页 |
| 2.9.3 RSp801、RSp931、RSc2202基因功能分析 | 第52页 |
| 3 结果与分析 | 第52-92页 |
| 3.1 青枯菌YC40-W、YC40-M重测序结果 | 第52-54页 |
| 3.2 青枯菌YC40-M基因组测序结果 | 第54-61页 |
| 3.2.1 原始测序数据质控 | 第54-55页 |
| 3.2.2 测序数据统计 | 第55-56页 |
| 3.2.3 基因组组装 | 第56页 |
| 3.2.4 基因预测结果 | 第56-57页 |
| 3.2.5 基因注释 | 第57-60页 |
| 3.2.6 基因组特征 | 第60-61页 |
| 3.3 PhcA基因功能分析 | 第61-72页 |
| 3.3.1 青枯菌YC40 PhcA突变体的构建和验证 | 第61-63页 |
| 3.3.2 YC40ΔPhcA菌株表型特征 | 第63-64页 |
| 3.3.3 YC40 PhcA基因缺失突变体功能互补 | 第64-65页 |
| 3.3.4 YC40ΔPhcA与YC40-M生物学测定 | 第65-69页 |
| 3.3.5 YC40ΔPhcA、YC40-M致病性测定结果 | 第69页 |
| 3.3.6 YC40ΔPhcA及YC40-W菌株寄主范围测定结果 | 第69-72页 |
| 3.4 Par A2基因功能分析 | 第72-77页 |
| 3.4.1 青枯菌YC40菌株ParA2突变体的构建结果 | 第72页 |
| 3.4.2 YC40 ParA2基因缺失突变体功能互补 | 第72-73页 |
| 3.4.3 ParA2突变体生物学试验结果 | 第73-76页 |
| 3.4.4 突变体对沙姜的致病性分析结果 | 第76-77页 |
| 3.5 基因RSp801、RSp931和RSc2202的功能分析 | 第77-92页 |
| 3.5.1 基因生物信息学分析结果 | 第77-78页 |
| 3.5.2 RSp801、RSp931、RSc2202基因自杀质粒和突变菌株筛选验证 | 第78-79页 |
| 3.5.3 3个基因突变体功能互补 | 第79页 |
| 3.5.4 YC40Δ801 突变体生物学特性 | 第79-82页 |
| 3.5.5 YC40Δ801 突变体对沙姜的致病性分析 | 第82-83页 |
| 3.5.6 YC40Δ931 突变体生物学特性 | 第83-86页 |
| 3.5.7 YC40Δ931 突变体对沙姜的致病性分析 | 第86-87页 |
| 3.5.8 YC40Δ2202 突变体生物学特性 | 第87-90页 |
| 3.5.9 YC40Δ2202 突变体对沙姜的致病性分析 | 第90-92页 |
| 4 结论与讨论 | 第92-99页 |
| 4.1 重测序分析青枯菌YC40自然致病力丧失突变体及其野生型全基因组 | 第92-93页 |
| 4.2 青枯菌YC40自然致病力丧失突变体基因组序列特征 | 第93-95页 |
| 4.3 青枯菌Phc A基因的功能 | 第95-97页 |
| 4.4 YC40菌株自然致病力丧失突变体与PhcA基因缺失突变体的差异 | 第97页 |
| 4.5 YC40菌株Par A2基因的功能 | 第97-98页 |
| 4.6 YC40菌株RSp801、RSp931和RSc2202基因的功能 | 第98-99页 |
| 4.7 5个基因的互补试验 | 第99页 |
| 5 总结论与未来研究建议 | 第99-101页 |
| 5.1 总结论 | 第99-100页 |
| 5.2 未来研究建议 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-113页 |
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