| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 引言 | 第13-15页 |
| 1.2 研究背景和意义 | 第15-23页 |
| 1.2.1 胚胎干细胞 | 第15-16页 |
| 1.2.2 组蛋白修饰与组蛋白密码 | 第16-19页 |
| 1.2.3 DNA甲基化 | 第19-21页 |
| 1.2.4 高通量测序技术 | 第21-22页 |
| 1.2.5 表观遗传学调控基因表达机制的生物信息学分析 | 第22-23页 |
| 1.3 论文内容与结构 | 第23-25页 |
| 第二章 研究方法 | 第25-31页 |
| 2.1 基因表达值和组蛋白修饰值的计算 | 第25-26页 |
| 2.1.1 基因表达值的计算 | 第25页 |
| 2.1.2 基因组五个功能区域上组蛋白修饰值的计算 | 第25页 |
| 2.1.3 基因组转录起始位点侧翼区域上组蛋白修饰值的计算 | 第25-26页 |
| 2.2 相关性的计算 | 第26-29页 |
| 2.2.1 Pearson相关系数 | 第26-27页 |
| 2.2.2 Spearman相关系数 | 第27-28页 |
| 2.2.3 偏相关系数 | 第28-29页 |
| 2.3 预测算法 | 第29-31页 |
| 2.3.1 支持向量机 | 第29-30页 |
| 2.3.2 评价方法 | 第30-31页 |
| 第三章 人类胚胎干细胞中组蛋白修饰分布与基因表达的关联分析 | 第31-54页 |
| 3.1 数据集 | 第31页 |
| 3.2 组蛋白修饰与基因表达之间Pearson相关系数的计算 | 第31-34页 |
| 3.3 组蛋白修饰与基因表达相互作用网络的构建 | 第34-36页 |
| 3.4 高、低表达基因的划分以及功能分析 | 第36-38页 |
| 3.5 组蛋白修饰在转录起始位点侧翼区域的相关分析 | 第38-46页 |
| 3.5.1 组蛋白修饰在转录起始位点侧翼区域的分布 | 第38-43页 |
| 3.5.2 转录起始位点侧翼区域组蛋白修饰与基因表达相关系数的分布 | 第43-44页 |
| 3.5.3 高、低表达两类基因的组蛋白修饰簇 | 第44-46页 |
| 3.6 组蛋白修饰在五个功能区域内的相关分析 | 第46-50页 |
| 3.6.1 组蛋白修饰在高表达基因中主要定位于基因的启动子,低表达基因中则定位于外显子 | 第46-48页 |
| 3.6.2 组蛋白修饰值在外显子区域较其他区域有更小的变化范围 | 第48-50页 |
| 3.7 关键转录因子基因上组蛋白修饰分布的类型特异性和区域偏好性 | 第50-52页 |
| 3.8 小结 | 第52-54页 |
| 第四章 人类胚胎干细胞启动子CpG含量与组蛋白修饰的相关性 | 第54-62页 |
| 4.1 数据来源及预处理 | 第54页 |
| 4.2 特征和量化 | 第54-56页 |
| 4.2.1 划分HCG启动子和LCG启动子 | 第54-55页 |
| 4.2.2 提取启动子区组蛋白修饰谱 | 第55页 |
| 4.2.3 组蛋白修饰Heatmap图 | 第55-56页 |
| 4.3 HCG启动子和LCG启动子 | 第56-57页 |
| 4.4 HCG和LCG启动子区域内组蛋白修饰分布 | 第57-58页 |
| 4.5 HCG和LCG启动子区域内组蛋白修饰的相互作用 | 第58-59页 |
| 4.6 关键转录因子基因启动子的分类及组蛋白修饰分布 | 第59-61页 |
| 4.7 结论 | 第61-62页 |
| 第五章 结合表观修饰信息和序列信息的基因表达分类预测 | 第62-74页 |
| 5.1 数据集 | 第62-63页 |
| 5.2 特征提取 | 第63-65页 |
| 5.2.1 转录起始位点侧翼区域组蛋白修饰、DNA甲基化、染色体可及性信号提取 | 第63页 |
| 5.2.2 转录因子结合分数 | 第63-64页 |
| 5.2.3 DNA序列信息 | 第64-65页 |
| 5.3 方法 | 第65-67页 |
| 5.4 单特征的评价能力 | 第67-69页 |
| 5.5 组蛋白修饰以及DNA甲基化组合模型的评价指标 | 第69-71页 |
| 5.6 多特征融合模型的评价指标 | 第71-72页 |
| 5.7 小结 | 第72-74页 |
| 第六章 总结和展望 | 第74-78页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第74-76页 |
| 6.2 工作展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 附录 | 第90-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 攻读学位期间发表和完成的学术论文 | 第98页 |
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