| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-48页 |
| 0. 引言 | 第14页 |
| 1. 双壳类基因组学研究 | 第14-45页 |
| 1.1 SNP 标记的高通量开发概述 | 第14-30页 |
| 1.1.1 高通量 SNP 标记分型技术 | 第17-23页 |
| 1.1.1.1 降低代表性测序 | 第19页 |
| 1.1.1.2 RAD 测序 | 第19-20页 |
| 1.1.1.3 改进的 RAD 技术 | 第20-22页 |
| 1.1.1.4 低覆盖度测序分型 | 第22-23页 |
| 1.1.2 高通量 SNP 标记分型算法 | 第23-27页 |
| 1.1.2.1 临界值算法 | 第24-25页 |
| 1.1.2.2 后验概率算法 | 第25页 |
| 1.1.2.3 最大似然算法 | 第25-26页 |
| 1.1.2.4 改进的最大似然算法 | 第26页 |
| 1.1.2.5 显性标记分型的阈值法 | 第26-27页 |
| 1.1.3 高通量 SNP 标记的应用 | 第27-30页 |
| 1.1.3.1 SNP 应用于遗传图谱构建 | 第27-28页 |
| 1.1.3.2 SNP 应用于全基因组关联分析 | 第28-29页 |
| 1.1.3.3 SNP 应用于数量性状定位研究 | 第29-30页 |
| 1.1.3.4 SNP 应用于群体遗传学与进化研究 | 第30页 |
| 1.2 高精度遗传图谱构建概述 | 第30-36页 |
| 1.2.1 高精度遗传图谱应用 | 第32-35页 |
| 1.2.1.1 高精度遗传图提高 QTL 检测功效 | 第32-33页 |
| 1.2.1.2 高精度遗传图辅助基因组拼接 | 第33-34页 |
| 1.2.1.3 高精度遗传图进行比较基因组分析 | 第34-35页 |
| 1.2.2 双壳类遗传图谱构建进展 | 第35-36页 |
| 1.3 全基因组测序概述 | 第36-45页 |
| 1.3.1 全基因组从头测序与组装 | 第40-45页 |
| 1.3.1.1 基因组测序策略 | 第40-41页 |
| 1.3.1.2 基因组拼接算法 | 第41-42页 |
| 1.3.1.3 贪婪算法（Greedy algorithm） | 第42页 |
| 1.3.1.4 重叠-排列-生成一致（Overlap/Layout/Consensus）算法 | 第42页 |
| 1.3.1.5 de Bruijn 算法 | 第42-45页 |
| 1.3.2 基因组组装结果评价 | 第45页 |
| 2. 栉孔扇贝研究现状 | 第45-47页 |
| 3. 本研究目的和意义 | 第47-48页 |
| 第二章 栉孔扇贝高通量 SNP 标记开发与基因分型技术建立 | 第48-69页 |
| 第一节 2b-RAD 应用于栉孔扇贝高通量 SNP 筛查 | 第48-58页 |
| 0 引言 | 第48页 |
| 1 材料和方法 | 第48-54页 |
| 1.1 实验材料选择 | 第48-49页 |
| 1.2 基因组 DNA 的提取 | 第49-50页 |
| 1.3 2b-RAD 应用于栉孔扇贝基因组 SNP 筛查 | 第50-54页 |
| 1.3.1 II B 型限制性内切酶的选择 | 第50页 |
| 1.3.2 选择性碱基的确定 | 第50页 |
| 1.3.3 Barcode 的设计验证 | 第50-54页 |
| 2. 结果与讨论 | 第54-58页 |
| 2.1 II B 型限制性内切酶的选择 | 第54页 |
| 2.2 选择性碱基的确定 | 第54-55页 |
| 2.3 Barcode 的设计与验证 | 第55-58页 |
| 第二节 基于 2b-RAD 技术的非模式生物 SNP 分型算法的建立 | 第58-69页 |
| 0.引言 | 第58页 |
| 1.材料和方法 | 第58-61页 |
| 1.1 模拟分析 | 第58-59页 |
| 1.2 实际测序数据进行评价的数据来源 | 第59页 |
| 1.3 RADtyping 分型算法和分型策略 | 第59-61页 |
| 2. 结果与讨论 | 第61-69页 |
| 2.1 RADtyping 的分析架构和平台构建 | 第61-63页 |
| 2.2 模拟数据的 RADtyping 分型评价 | 第63-66页 |
| 2.3 实际测序数据的 RADtyping 分型评价 | 第66-69页 |
| 第三章 栉孔扇贝 SNP 遗传连锁图谱的构建 | 第69-88页 |
| 0. 引言 | 第69-70页 |
| 第一节 扇贝作图群体构建与 SNP 标记开发 | 第70-76页 |
| 1. 材料和方法 | 第70-72页 |
| 1.1 栉孔扇贝参考基因组序列获得 | 第70-71页 |
| 1.2 作图群体构建 | 第71页 |
| 1.3 作图子代的亲子鉴定 | 第71-72页 |
| 1.4 2b-RAD 测序文库的构建及测序 | 第72页 |
| 2. 实验结果 | 第72-74页 |
| 2.1 栉孔扇贝参考基因组序列获得 | 第72-73页 |
| 2.2 连锁作图的 2b-RAD 测序策略的确定 | 第73-74页 |
| 3. 讨论 | 第74-76页 |
| 3.1 双壳贝类参照基因组 | 第74页 |
| 3.2 连锁作图的 2b-RAD 测序方案 | 第74-76页 |
| 第二节 作图家系 RADtyping 基因分型与遗传图谱构建 | 第76-88页 |
| 1. 材料与方法 | 第76-78页 |
| 1.1 RADtyping 对测序数据预处理和 SNP 分型 | 第76-77页 |
| 1.2 Sanger 测序验证分型准确性 | 第77页 |
| 1.3 SNP 遗传连锁图谱的构建 | 第77-78页 |
| 2. 实验结果 | 第78-86页 |
| 2.1 栉孔扇贝作图家系的 2b-RAD 测序 | 第78-79页 |
| 2.2 Sanger 测序验证分型准确性 | 第79-80页 |
| 2.3 高精度遗传图谱构建 | 第80-86页 |
| 3. 讨论 | 第86-88页 |
| 第四章 基于连锁与关联联合分析的重要经济性状的 QTL 定位 | 第88-101页 |
| 0. 引言 | 第88-89页 |
| 第一节 基于连锁分析的重要经济性状的 QTL 定位 | 第89-99页 |
| 1．材料与方法 | 第89页 |
| 2．结果与讨论 | 第89-99页 |
| 第二节 基于连锁与关联联合分析的经济性状 QTL 定位 | 第99-101页 |
| 1．材料与方法 | 第99页 |
| 2. 结果与讨论 | 第99-101页 |
| 第五章 栉孔扇贝全基因组框架图谱的绘制 | 第101-121页 |
| 0. 引言 | 第101-102页 |
| 第一节 栉孔扇贝基因组 survey 测序 | 第102-108页 |
| 1. 材料和方法 | 第102-106页 |
| 1.1 测序材料的获得 | 第102页 |
| 1.2 DNA 提取 | 第102页 |
| 1.3 180bp 短插入片段文库的构建和测序 | 第102-104页 |
| 1.4 测序数据的分析处理 | 第104-106页 |
| 2. 结果与讨论 | 第106-108页 |
| 第二节 栉孔扇贝基因组框架图构建和基因组特征分析 | 第108-116页 |
| 1. 材料与方法 | 第108-110页 |
| 1.1 180bp, 300bp,500bp 短插入片段文库的构建和测序 | 第108页 |
| 1.2 2kb, 5kb,10kb,20kb,30kb 长插入片段文库的构建和测序 | 第108页 |
| 1.3 基因组拼接 | 第108-109页 |
| 1.4 基因组框架图拼接评价 | 第109页 |
| 1.5 重复序列分析 | 第109-110页 |
| 1.6 基因组初步基因预测 | 第110页 |
| 2. 结果与分析 | 第110-113页 |
| 2.1 测序数据统计 | 第110-111页 |
| 2.2 组装基因组框架图谱 | 第111页 |
| 2.3 基因组草图覆盖度评价 | 第111-112页 |
| 2.4 基因组框架图谱重复序列分析 | 第112页 |
| 2.5 基因组框架图谱的初步注释 | 第112-113页 |
| 3. 讨论 | 第113-116页 |
| 第三节 遗传图谱、物理图谱和基因组框架图谱整合 | 第116-121页 |
| 0.引言 | 第116-117页 |
| 1. 材料和方法 | 第117页 |
| 2. 结果和讨论 | 第117-121页 |
| 参考文献 | 第121-134页 |
| 附录 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 个人简历 | 第137-138页 |
| 发表的学术论文 | 第138-140页 |
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