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禾本科中NBS-LRR类抗病基因的进化研究
 
     论文目录
 
中文摘要第1-9页
ABSTRACT第9-11页
縮略词表第11-12页
1 前言第12-26页
   ·抗病基因的结构和分类第12-14页
   ·抗病基因的分离和克隆第14-16页
     ·图位克隆法第15页
     ·转座子标签法第15页
     ·同源序列法第15-16页
     ·电子(in silico)克隆第16页
   ·植物的抗病性第16-17页
   ·抗病基因的作用机理第17-18页
     ·基因对基因假说第17页
     ·防卫假说第17-18页
   ·抗病基因数量以及分布第18-19页
   ·抗病基因的进化第19-22页
     ·抗病基因的进化模式第19-22页
     ·转座元件在抗病基因进化中的作用第22页
   ·Rp1抗病基因家族第22-24页
     ·抗病基因Pi37第22-23页
     ·抗病基因Rp1-D的克隆和进化研究第23页
     ·禾本科中的Rp1基因家族第23-24页
   ·比较基因组学研究在禾本科中的应用第24-25页
   ·研究目的及意义第25-26页
2 材料和方法第26-34页
   ·数据库的来源以及抗病基因的获得第26-27页
   ·用于分析Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的材料第27页
   ·获得Rp1同源体的材料第27页
   ·抗病基因的手工重注释第27-28页
   ·Presence/Absence多态性分析第28-29页
   ·PCR技术在本研究中的应用第29-32页
     ·鉴定Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因第29页
     ·扩增稻属、玉米属、小麦属、短柄草属和高粱属中Rp1基因第29-31页
     ·检测Rp1基因拷贝数第31页
     ·检测水稻Rp1位点单倍型第31页
     ·鉴定短柄草不同类Rp1基因第31-32页
   ·Southern杂交的方法检测稻属中Rp1基因的拷贝数第32页
   ·利用缺失系定位栽培小麦中国春中Rp1同源体第32页
   ·序列分析第32-34页
     ·序列比对、进化树构建以及序列交换检测第32-33页
     ·Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的鉴定第33页
     ·玉米中Rp1古老基因的分析第33-34页
3 结果与分析第34-63页
     ·水稻中NBS类抗病基因的获取与注释第34-35页
   ·水稻中抗病基因位点存在presence/absence多态性第35-39页
   ·水稻中抗病基因类型的分析第39-42页
     ·水稻中少量的Type Ⅰ类基因决定着抗病基因的多样性第39-40页
     ·水稻中保守的Type Ⅱ类抗病基因第40-42页
     ·非典型进化模式的基因第42页
   ·水稻中Type Ⅰ和Type Ⅱ类分化机制第42-43页
   ·已知功能抗病基因既有Type Ⅰ也有Type Ⅱ类第43-44页
   ·禾本科Rp1位点在不同物种中经历了复制和丢失第44-46页
   ·禾本科不同物种中Rp1基因的拷贝数差异很大第46-48页
   ·玉米属Rp1大量的Rp1基因是由复制之后的序列交换形成第48-51页
   ·玉米属和高粱属间Rp1基因存在协同进化(concerted evolution)第51-53页
   ·水稻中Rp1基因分析第53-57页
     ·栽培水稻具有很少的Rp1单倍型第53-55页
     ·稻属中Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的分化第55-57页
   ·短柄草中的单拷贝Rp1基因第57-59页
   ·小麦和大麦中序列差异较大的Rp1基因第59-63页
4 讨论第63-70页
   ·抗病基因位点presence/absence多态性机制探讨第63-64页
     ·全基因组抗病基因位点的presence/absence多态性第63-64页
     ·Rp1抗病基因位点的presence/absence多态性第64页
   ·Type Ⅰ类抗病基因的多样性第64-65页
   ·Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因分化机制探讨第65-67页
     ·全基因组比较Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的分化机制第65-67页
     ·稻属中Rp1基因Type Ⅰ和Type Ⅱ类抗病基因的分化第67页
   ·不同物种中Rp1基因的进化模式第67-70页
     ·属间抗病基因的协同进化第68页
     ·大麦和小麦中抗病基因birth-and-death的进化机制第68-69页
     ·短柄草中单基因的进化第69-70页
5 总结与展望第70-71页
参考文献第71-84页
附录第84-102页
 附录1 实验体系以及步骤第84-90页
  附1.1 基因组DNA抽提第84页
  附1.2 BAC质粒抽提第84-85页
  附1.3 PCR体系第85页
  附1.4 PCR程序第85页
  附1.5 PCR产物消化第85-86页
  附1.6 DNA胶回收第86页
  附1.7 连接第86页
  附1.8 TA克隆第86-87页
  附1.9 酶切第87页
  附1.10 Southern杂交第87-90页
   附1.10.1 转膜(用碱转的方法进行DNA转膜)第87-88页
   附1.10.2 探针标记第88页
   附1.10.3 预杂交与杂交第88页
   附1.10.4 洗膜第88-89页
   附1.10.5 免疫及显色第89-90页
 附录2 附表第90-100页
 附录3 Genbank序列号第100-101页
 附录4 作者简介及博士期间成果第101-102页
致谢第102页

 
 
论文编号BS12353,这篇论文共102
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