| 英文缩略词表 | 第8-10页 |
| 摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 引言 | 第17-22页 |
| 第一部分: 通过宏基因组二代测序技术获得中国首例输入性黄热病毒的全基因组序列 | 第22-36页 |
| 前言 | 第22-23页 |
| 实验材料 | 第23-25页 |
| 1 样品来源 | 第23页 |
| 2 实验仪器 | 第23页 |
| 3 试剂耗材 | 第23-25页 |
| 实验方法 | 第25-31页 |
| 1 核酸提取 | 第25页 |
| 2 cDNA合成 | 第25-26页 |
| 3 构建测序文库 | 第26-29页 |
| 4 OT2油包水扩增反应 | 第29-30页 |
| 5 测序磁珠富集反应 | 第30页 |
| 6 上机测序 | 第30-31页 |
| 7 生物信息学分析 | 第31页 |
| 结果 | 第31-34页 |
| 1 前期临床特征和样本预处理 | 第31页 |
| 2 测序结果 | 第31-32页 |
| 3 全基因组序列的进化特征 | 第32-34页 |
| 讨论 | 第34-35页 |
| 小结 | 第35-36页 |
| 第二部分: 利用二代测序技术在不明原因发热血液样本中检测到人细环病毒 | 第36-56页 |
| 前言 | 第36-37页 |
| 实验材料 | 第37-39页 |
| 1 样品来源 | 第37页 |
| 2 实验仪器 | 第37页 |
| 3 试剂耗材 | 第37-39页 |
| 实验方法 | 第39-46页 |
| 1 核酸提取 | 第39页 |
| 2 cDNA合成 | 第39-41页 |
| 3 构建测序文库 | 第41-43页 |
| 4 OT2油包水扩增反应 | 第43-44页 |
| 5 测序磁珠富集反应 | 第44-45页 |
| 6 上机测序 | 第45页 |
| 7 统计及信息学分析 | 第45-46页 |
| 结果 | 第46-51页 |
| 1. 测序结果 | 第46-49页 |
| 2. 进化分析 | 第49-51页 |
| 讨论 | 第51-55页 |
| 小结 | 第55-56页 |
| 第三部分: 西非地区发热伴黄疸症状病原谱研究 | 第56-76页 |
| 前言 | 第56-57页 |
| 实验材料 | 第57-59页 |
| 1 样品来源 | 第57页 |
| 2 实验仪器 | 第57页 |
| 3 试剂耗材 | 第57-59页 |
| 实验方法 | 第59-67页 |
| 1 核酸提取 | 第59页 |
| 2 定量PCR检测黄热病毒 | 第59页 |
| 3 cDNA合成 | 第59-61页 |
| 3.1 | 第59页 |
| 3.2 一链合成 | 第59页 |
| 3.3 二链合成 | 第59-60页 |
| 3.4 纯化二链产物 | 第60页 |
| 3.5 病毒核酸富集 | 第60页 |
| 3.6 cDNA磁珠法纯化 | 第60页 |
| 3.7 Qbit 定量 | 第60-61页 |
| 4 构建测序文库 | 第61-64页 |
| 5 OT2油包水扩增反应 | 第64-65页 |
| 6 测序磁珠富集反应 | 第65页 |
| 7 上机测序 | 第65-66页 |
| 8 统计及信息学分析 | 第66-67页 |
| 结果 | 第67-72页 |
| 1 发热伴黄疸临床样本的地理分布 | 第67-68页 |
| 2 发热伴黄疸样本的临床特征 | 第68-69页 |
| 3 发热伴黄疸病例的病原谱组成 | 第69-71页 |
| 4 发热伴黄疸病例的病原谱的年龄分布 | 第71-72页 |
| 讨论 | 第72-75页 |
| 小结 | 第75-76页 |
| 第四部分: 病毒序列非依赖性的病毒靶向扩增技术的建立 | 第76-103页 |
| 前言 | 第76-77页 |
| 实验材料 | 第77-79页 |
| 1 样品来源 | 第77页 |
| 2 实验仪器 | 第77页 |
| 3 试剂耗材 | 第77-79页 |
| 实验方法 | 第79-90页 |
| 1 病毒靶向八聚体的设计 | 第79页 |
| 2 对45份已知病原临床样本的定量PCR验证 | 第79-83页 |
| 3 对20份未知病原临床样本的NGS实验 | 第83-90页 |
| 结果 | 第90-98页 |
| 1 靶向八聚体筛选结果 | 第90-91页 |
| 2 人源18S核糖体RNA抑制效果的评估 | 第91-92页 |
| 3 人源28S核糖体RNA抑制效果的评估 | 第92-93页 |
| 4 病毒基因组序列富集效率的评估 | 第93-94页 |
| 5 定量PCR评估的统计结果 | 第94页 |
| 6 用两种方法对20份未知病原样本进行平行试验的NGS评估结果 | 第94-96页 |
| 7 采用安捷伦2100高分辨率电泳系统评估反转后的cDNA片段质量 | 第96-98页 |
| 讨论 | 第98-102页 |
| 小结 | 第102-103页 |
| 全文总结 | 第103-105页 |
| 创新性 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 发表文章 | 第107-108页 |
| 个人简介 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-119页 |
| 临床样本中病毒富集技术的研究现状及发展趋势 | 第119-127页 |
| 参考文献 | 第123-127页 |
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