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基于转录组测序数据的递归剪接事件识别及其应用 |
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| 论文目录 |
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| 摘要 | 第4-6页 | | abstract | 第6-7页 | | 缩略词 | 第12-13页 | | 第一章 绪论 | 第13-18页 | | 1.1 递归剪接的研究目的及意义 | 第13-14页 | | 1.2 本文的研究方案及拟解决的关键问题 | 第14-15页 | | 1.3 本文研究的创新点 | 第15-16页 | | 1.4 本文研究内容与安排 | 第16-17页 | | 1.5 本章小结 | 第17-18页 | | 第二章 基因组长内含子发生递归剪接事件的研究现状 | 第18-30页 | | 2.1 引言 | 第18页 | | 2.2 第二代测序技术 | 第18-19页 | | 2.3 递归剪接事件的研究现状 | 第19-21页 | | 2.4 递归剪接的形成过程 | 第21-22页 | | 2.5 递归剪接的序列特征 | 第22-24页 | | 2.5.1 递归剪接位点的保守性 | 第22-23页 | | 2.5.2 发生递归剪接的内含子长度 | 第23页 | | 2.5.3 递归剪接在表达图谱上的特性 | 第23-24页 | | 2.6 递归剪接位点的全基因组识别 | 第24-26页 | | 2.6.1 果蝇体内递归剪接的研究 | 第24-25页 | | 2.6.2 脊椎动物体内递归剪接的研究 | 第25-26页 | | 2.7 递归剪接事件对生物学过程的影响 | 第26-27页 | | 2.8 研究递归剪接的转录组数据集来源 | 第27-29页 | | 2.9 本章小结 | 第29-30页 | | 第三章 递归剪接位点识别的算法开发 | 第30-58页 | | 3.1 引言 | 第30-31页 | | 3.2 转录组RNA-seq数据集预处理过程 | 第31-37页 | | 3.2.1 fastQC检测原始数据的质量 | 第31-34页 | | 3.2.2 TopHat比对原始读段 | 第34-37页 | | 3.3 递归剪接位点的初步筛选 | 第37-41页 | | 3.3.1 递归剪接事件发生所在的长内含子 | 第37页 | | 3.3.2 依据junction.bed文件筛选候选递归剪接位点 | 第37-38页 | | 3.3.3 依据内含子长度对递归剪接位点进行筛选 | 第38-39页 | | 3.3.4 依据位点处序列保守性对递归剪接位点进行筛选 | 第39-41页 | | 3.4 对剪接位点保守性分析 | 第41-47页 | | 3.4.1 构造打分矩阵 | 第41-45页 | | 3.4.2 根据保守性打分矩阵进行筛选 | 第45-47页 | | 3.5 一元线性回归对递归剪接识别的作用 | 第47-50页 | | 3.5.1 一元线性回归分析原理 | 第47-49页 | | 3.5.2 一元线性回归模型对锯齿状识别 | 第49-50页 | | 3.6 基于PCC-AdaBoost识别递归剪接位点 | 第50-54页 | | 3.6.1 AdaBoost算法基本原理 | 第50-51页 | | 3.6.2 PCC-AdaBoost算法 | 第51-52页 | | 3.6.3 基于PCC-AdaBoost算法的锯齿状识别 | 第52-54页 | | 3.7 递归剪接识别算法的验证 | 第54-56页 | | 3.8 本章小结 | 第56-58页 | | 第四章 卵巢癌中递归剪接事件的检测与分析 | 第58-66页 | | 4.1 选择性剪接在卵巢癌方面的研究 | 第58-59页 | | 4.2 卵巢癌中递归剪接事件的检测与分析 | 第59-65页 | | 4.3 本章小结 | 第65-66页 | | 第五章 总结与展望 | 第66-69页 | | 5.1 工作总结 | 第66-67页 | | 5.2 展望 | 第67-69页 | | 参考文献 | 第69-76页 | | 致谢 | 第76-77页 | | 在校期间的研究成果及学术论文情况 | 第77-78页 | | 附录 (RS-fig程序) | 第78-94页 |
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论文编号BS4418130，这篇论文共94页
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