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分子动力学模拟研究大肠杆菌尿嘧啶转运蛋白UraA的构象变化

论文目录

摘要	第4-6页
abstract	第6-7页
第1章绪论	第10-14页
1.1 NAT家族的组成及特征	第10-11页
1.2 NAT家族蛋白的功能	第11-12页
1.3 研究背景和研究对象	第12-14页
1.3.1 蛋白质UraA的机构	第12页
1.3.2 计算机分子模拟	第12-13页
1.3.3 研究对象与研究意义	第13-14页
第2章理论基础与计算方法	第14-23页
2.1 分子模拟理论基础	第14-15页
2.1.1 薛定谔方程	第14页
2.1.2 Born-Oppenheimer近似	第14-15页
2.1.3 单电子近似	第15页
2.2 分子力场	第15-17页
2.2.1 力场的能量表示	第15-16页
2.2.2 几种常见的分子力场	第16-17页
2.3 分子力学及优化算法	第17-19页
2.3.1 分子力学	第17-18页
2.3.2 常用的优化算法	第18-19页
2.4 分子模拟	第19-21页
2.4.1 分子动力学模拟计算基本原理	第19-20页
2.4.2 牛顿运动方程式的数值解法	第20-21页
2.5 恒温恒压下的分子动力学模拟的实现	第21页
2.6 主成分分析	第21-23页
第3章分子动力学模拟研究大肠杆菌尿嘧啶转运蛋白UraA的构象变化	第23-37页
3.1 引言	第23-24页
3.2 计算方法和步骤	第24-26页
3.3 结果与讨论	第26-35页
3.3.1 整体结构的稳定性和柔性分析	第26-29页
3.3.2 PPD+L和PPD-L的相关性运动的分析	第29-32页
3.3.3 跨膜区域TM5-TM7功能分析	第32-34页
3.3.4 “质子触发”位点Glu290附近氢键分析	第34-35页
3.4 结论	第35-37页
参考文献	第37-40页
个人简介及攻读学位期间发表论文	第40-41页
致谢	第41页

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