| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 符号与缩略语说明 | 第15-17页 |
| 前言 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-48页 |
| 1 对硝基苯酚的微生物降解 | 第18-20页 |
| 1.1 对硝基苯酚的微生物降解资源 | 第18-19页 |
| 1.2 对硝基苯酚的微生物降解途径 | 第19-20页 |
| 2 对硝基苯酚降解基因的调控 | 第20-22页 |
| 3 Pseudomonas putida DLL-E4降解对硝基苯酚的研究现状 | 第22-33页 |
| 3.1 RNA-Seq技术在有机体对芳香族化合物的响应方面的应用 | 第23页 |
| 3.2 恶臭假单胞菌核心碳代谢与芳香族化合物代谢间的联系 | 第23-27页 |
| 3.3 假单胞菌属的代谢阻遏现象 | 第27-30页 |
| 3.4 非编码RNAs在细菌代谢过程中的作用 | 第30-31页 |
| 3.5 蛋白质结晶原理及常用方法简介 | 第31-33页 |
| 参考文献 | 第33-48页 |
| 第二章 对硝基苯酚降解基因簇的转录差异研究及pnpR敲除对菌株生长和底物利用的影响 | 第48-80页 |
| 第一节 对硝基苯酚降解基因簇的组织形式和转录差异研究 | 第48-71页 |
| 1 材料与方法 | 第48-57页 |
| 1.1 菌株及引物 | 第48-50页 |
| 1.2 试剂及相关仪器设备 | 第50-52页 |
| 1.3 培养基及抗生素 | 第52页 |
| 1.4 菌株培养 | 第52-53页 |
| 1.5 操纵元预测 | 第53页 |
| 1.6 Total RNA样品准备 | 第53-54页 |
| 1.7 RT-PCR | 第54页 |
| 1.8 5'-RACE法确定pnpR、pnpC1转录起始位点 | 第54-57页 |
| 2 结果与讨论 | 第57-71页 |
| 2.1 操纵元预测与反转录PCR验证 | 第57-60页 |
| 2.2 5'-RACE法确定pnpR、pnpC1转录起始位点 | 第60-62页 |
| 2.3 PNP降解基因簇在不同条件下的转录差异研究 | 第62-71页 |
| 第二节 pnpR敲除对菌株生长和底物利用的影响 | 第71-78页 |
| 1 材料与方法 | 第71-72页 |
| 1.1 菌株 | 第71页 |
| 1.2 试剂及相关仪器设备 | 第71页 |
| 1.3 培养基及抗生素 | 第71页 |
| 1.4 菌体形态观察和生长曲线绘制 | 第71页 |
| 1.5 HQ、PNP降解实验 | 第71页 |
| 1.6 BIOLOG实验 | 第71-72页 |
| 2 结果与讨论 | 第72-78页 |
| 2.1 pnpR敲除对菌株生长的影响 | 第72-73页 |
| 2.2 pnpR敲除对菌株降解HQ、PNP的影响 | 第73-76页 |
| 2.3 pnpR敲除对菌株利用碳源的影响 | 第76-78页 |
| 本章小结 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-80页 |
| 第三章 Pseudomonas putida DLL-E4降解对硝基苯酚的比较转录组学研究 | 第80-126页 |
| 第一节 对硝基苯酚降解和pnpR敲除下的转录组变化概况 | 第81-91页 |
| 1 材料与方法 | 第81-82页 |
| 1.1 菌株及引物 | 第81页 |
| 1.2 试剂及相关仪器设备 | 第81页 |
| 1.3 培养基及抗生素 | 第81页 |
| 1.4 RNA-Seq样品准备 | 第81页 |
| 1.5 RNA-Seq及数据分析 | 第81-82页 |
| 2 结果与讨论 | 第82-91页 |
| 2.1 Total RNA样品质量检测 | 第82-83页 |
| 2.2 RNA-Seq测序质量评估 | 第83-84页 |
| 2.3 Mapping结果分析 | 第84-85页 |
| 2.4 编码基因表达差异分析 | 第85-89页 |
| 2.5 ncRNAs表达差异分析 | 第89-91页 |
| 第二节 对硝基苯酚降解调控机制的初步研究 | 第91-105页 |
| 1 材料与方法 | 第91-95页 |
| 1.1 菌株及引物 | 第91页 |
| 1.2 试剂及相关仪器设备 | 第91页 |
| 1.3 培养基及抗生素 | 第91-93页 |
| 1.4 RNA-Seq样品准备、RNA-Seq及数据分析 | 第93页 |
| 1.5 实时荧光定量PCR | 第93-94页 |
| 1.6 ncRNA ins2敲除 | 第94-95页 |
| 1.7 PNP降解实验 | 第95页 |
| 1.8 菌体形态观察和生长曲线绘制 | 第95页 |
| 2 结果与讨论 | 第95-105页 |
| 2.1 PNP降解基因簇的RNA-Seq结果分析及qPCR验证 | 第95-98页 |
| 2.2 qPCR检测HQ降解相关操纵元在pnpA失活下的表达情况 | 第98-99页 |
| 2.3 PNP降解的转录调控机制初步研究 | 第99-101页 |
| 2.4 ncRNAs ins1和ins2的RNA-Seq结果分析 | 第101-102页 |
| 2.5 ncRNAs ins1和ins2的敲除分析 | 第102-105页 |
| 第三节 对硝基苯酚降解与葡萄糖利用之间的相互联系的初步研究 | 第105-122页 |
| 1 材料与方法 | 第105-107页 |
| 1.1 菌株及引物 | 第105页 |
| 1.2 试剂及相关仪器设备 | 第105页 |
| 1.3 培养基及抗生素 | 第105-106页 |
| 1.4 RNA-Seq样品准备、RNA-Seq及数据分析 | 第106页 |
| 1.5 实时荧光定量PCR | 第106页 |
| 1.6 RNA-Seq样品的葡萄糖实时利用实验和PNP实时降解实验 | 第106页 |
| 1.7 葡萄糖对PNP、HQ降解的影响实验 | 第106-107页 |
| 1.8 不同接种量对PNP降解的影响实验 | 第107页 |
| 2 结果与讨论 | 第107-122页 |
| 2.1 核心碳代谢相关基因的RNA-Seq结果分析 | 第107-112页 |
| 2.2 葡萄糖利用与PNP或HQ代谢间的联系的初步研究 | 第112-122页 |
| 本章小结 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-126页 |
| 第四章 对硝基苯酚降解关键蛋白PnpA的初步晶体学研究 | 第126-162页 |
| 1 材料与方法 | 第126-132页 |
| 1.1 菌株及抗生素 | 第126-127页 |
| 1.2 试剂、培养基及相关仪器设备 | 第127-129页 |
| 1.3 native-PnpA表达及纯化 | 第129页 |
| 1.4 PnpA酶活测定 | 第129-130页 |
| 1.5 native-PnpA结晶实验 | 第130-131页 |
| 1.6 Se-PnpA表达菌株的构建 | 第131页 |
| 1.7 Se-PnpA表达及纯化 | 第131页 |
| 1.8 Se-PnpA结晶实验 | 第131-132页 |
| 1.9 PnpA蛋白晶体衍射数据收集及结构解析尝试 | 第132页 |
| 2 结果与讨论 | 第132-159页 |
| 2.1 native-PnpA的纯化 | 第132-133页 |
| 2.2 native-PnpA结晶实验 | 第133-144页 |
| 2.3 Se-PnpA表达菌株的构建 | 第144-145页 |
| 2.4 Se-PnpA的纯化 | 第145页 |
| 2.5 Se-PnpA结晶实验 | 第145-157页 |
| 2.6 PnpA晶体结构解析尝试 | 第157-159页 |
| 本章小结 | 第159-160页 |
| 参考文献 | 第160-162页 |
| 全文总结 | 第162-164页 |
| 主要创新点 | 第164-166页 |
| 下一步工作设想 | 第166-168页 |
| 附录一 文中所用的试剂、培养基及相关缓冲体系配方 | 第168-172页 |
| 附录二 文中所用蛋白质的氨基酸序列 | 第172-174页 |
| 附录三 博士期间发表论文及会议摘要 | 第174-176页 |
| 致谢 | 第176页 |
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