| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第1章 绪论 | 第16-35页 |
| 1.1 空间辐射环境简介 | 第16-17页 |
| 1.2 低剂量辐射的生物学效应特点 | 第17-20页 |
| 1.3 植物DNA甲基化调控生长发育的机制 | 第20-26页 |
| 1.3.1 植物DNA甲基化简介 | 第21-22页 |
| 1.3.2 辐射胁迫对生物DNA甲基化的影响 | 第22-24页 |
| 1.3.3 生物DNA甲基化与基因表达的关联 | 第24-26页 |
| 1.4 植物转录因子参与抗逆调控的作用机制 | 第26-28页 |
| 1.5 植物转座子参与辐射诱导的基因组不稳定性研究 | 第28-30页 |
| 1.6 重离子辐射诱导生物学剂量效应机制研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| 1.7 本课题研究的主要内容 | 第31-33页 |
| 1.8 本课题的研究路线 | 第33-35页 |
| 第2章 材料与方法 | 第35-59页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-37页 |
| 2.1.1 重离子辐射处理水稻材料 | 第35页 |
| 2.1.2 水稻材料的种植培养 | 第35-37页 |
| 2.2 主要仪器设备及试剂 | 第37-41页 |
| 2.2.1 仪器设备 | 第37-38页 |
| 2.2.2 酶及试剂 | 第38页 |
| 2.2.3 溶液与培养基 | 第38-41页 |
| 2.3 实验方法 | 第41-59页 |
| 2.3.1 表型数据及农艺学性状的获取 | 第41页 |
| 2.3.2 MSAP技术检测基因组CCGG位点甲基化 | 第41-44页 |
| 2.3.3 差异条带的回收与纯化 | 第44-45页 |
| 2.3.4 克隆测序 | 第45-46页 |
| 2.3.5 蛋白质双向电泳实验 | 第46-49页 |
| 2.3.6 水稻全基因组甲基化重亚硫酸盐测序 | 第49-51页 |
| 2.3.7 水稻转录组测序 | 第51-52页 |
| 2.3.8 实时定量荧光PCR检验 | 第52-54页 |
| 2.3.9 液质联用技术分析水稻蛋白质组 | 第54-56页 |
| 2.3.10 生物信息学分析 | 第56-57页 |
| 2.3.11 质控结果 | 第57-59页 |
| 第3章 不同剂量重离子辐射诱发分蘖期水稻DNA甲基化及功能分子的变化… | 第59-84页 |
| 3.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻表型及蛋白质的变化 | 第59-63页 |
| 3.1.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻株高表型的变化 | 第59-62页 |
| 3.1.2 不同剂量重离子辐射诱发水稻成熟期农艺学性状的变化 | 第62-63页 |
| 3.2 不同剂量重离子辐射诱发水稻蛋白质的变化 | 第63-71页 |
| 3.2.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻蛋白质表达模式的变化 | 第65页 |
| 3.2.2 不同剂量重离子辐射诱导水稻的差异表达蛋白及其功能分析 | 第65-71页 |
| 3.3 不同剂量重离子辐射诱发水稻基因组甲基化的变化 | 第71-78页 |
| 3.3.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻基因组甲基化的变化 | 第71-76页 |
| 3.3.2 不同剂量重离子辐射引起水稻甲基化多态性条带测序信息 | 第76-78页 |
| 3.4 讨论 | 第78-82页 |
| 3.5 小结 | 第82-84页 |
| 第4章 高低剂量重离子辐射诱发三叶期水稻的功能分子变化 | 第84-108页 |
| 4.1 高低剂量重离子辐射对水稻蛋白质组的影响 | 第85-91页 |
| 4.1.1 水稻总蛋白质的提取 | 第85-86页 |
| 4.1.2 高低剂量重离子辐射后水稻蛋白质的功能分析 | 第86-87页 |
| 4.1.3 高低剂量重离子辐射后水稻蛋白质组主成分分析 | 第87-88页 |
| 4.1.4 高低剂量重离子辐射诱发水稻差异表达蛋白质的数目 | 第88页 |
| 4.1.5 高低剂量重离子辐射诱发水稻差异蛋白质的功能分析 | 第88-91页 |
| 4.2 高低剂量重离子辐射对三叶期水稻基因表达的影响 | 第91-104页 |
| 4.2.1 三叶期水稻RNA样品的提取与质量检测 | 第91-92页 |
| 4.2.2 测序cDNA文库构建及测序原始数据质量评估 | 第92-93页 |
| 4.2.3 测序数据与水稻参考基因组的比对分析 | 第93-94页 |
| 4.2.4 高低剂量重离子辐射诱发水稻基因表达差异的分析 | 第94页 |
| 4.2.5 高低剂量重离子辐射诱发水稻差异基因的功能分析 | 第94-97页 |
| 4.2.6 高低剂量重离子辐射诱发水稻代谢通路的变化 | 第97-99页 |
| 4.2.7 高低剂量重离子辐射诱发水稻代谢途径及功能的变化 | 第99-101页 |
| 4.2.8 高低剂量重离子辐射诱发水稻胁迫应答基因差异的变化 | 第101-102页 |
| 4.2.9 高低剂量重离子辐射诱发水稻转录因子的变化 | 第102-104页 |
| 4.3 讨论 | 第104-106页 |
| 4.3.1 高低剂量重离子辐射对水稻蛋白质的影响 | 第104页 |
| 4.3.2 高低剂量重离子辐射对水稻基因表达的影响 | 第104-106页 |
| 4.4 小结 | 第106-108页 |
| 第5章 高低剂量重离子辐射对三叶期水稻DNA甲基化的影响 | 第108-118页 |
| 5.1 高通量测序后的数据统计和覆盖率分析 | 第108-109页 |
| 5.2 高通量测序后的全基因组甲基化胞嘧啶特征 | 第109-111页 |
| 5.3 高通量测序后的基因组区域的甲基化分布 | 第111-112页 |
| 5.4 高通量测序后的基因组各转录元件的DNA甲基化水平 | 第112-113页 |
| 5.5 高低剂量重离子辐射诱发水稻基因组甲基化区域的差异 | 第113-115页 |
| 5.6 讨论 | 第115-117页 |
| 5.6.1 高低剂量重离子辐射对水稻DNA甲基化的影响 | 第115-116页 |
| 5.6.2 高低剂量重离子辐射对不同发育阶段水稻DNA甲基化的影响 | 第116-117页 |
| 5.7 小结 | 第117-118页 |
| 第6章 高低剂量重离子辐射引起水稻DNA甲基化改变及其对转录调控的影响 | 第118-135页 |
| 6.1 高低剂量重离子辐射影响水稻甲基化及基因表达变化的关联分析 | 第118-119页 |
| 6.2 辐射诱发水稻转座子甲基化变化对邻近基因表达的影响 | 第119-122页 |
| 6.3 辐射诱发水稻转录因子基因甲基化变化对靶基因表达的影响 | 第122-125页 |
| 6.4 辐射后水稻甲基化相关基因表达对基因组甲基化的影响 | 第125-127页 |
| 6.5 讨论 | 第127-134页 |
| 6.5.1 高低剂量辐射引起水稻DNA甲基化改变及对转录的影响 | 第127-128页 |
| 6.5.2 编码转座子及转录因子DNA甲基化参与基因转录表达 | 第128页 |
| 6.5.3 辐射诱导水稻甲基化相关基因表达改变对基因组甲基化的影响 | 第128-129页 |
| 6.5.4 高低剂量重离子辐射诱发不同发育阶段的水稻生物学效应变化 | 第129-131页 |
| 6.5.5 高低剂量诱发基因组甲基化变化参与调控辐射剂量效应的机制 | 第131-134页 |
| 6.6 小结 | 第134-135页 |
| 结论 | 第135-138页 |
| 展望 | 第138-139页 |
| 参考文献 | 第139-151页 |
| 附录 | 第151-163页 |
| 攻读学位期间公开发表论文 | 第163-164页 |
| 致谢 | 第164-166页 |
| 作者简介 | 第166页 |
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