| 常用缩写词及英汉对照 | 第4-10页 |
| 摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-30页 |
| 1 脂肪酸组成概述 | 第13-15页 |
| 1.1 脂肪酸的命名和分类 | 第13-14页 |
| 1.2 脂肪酸组成与人类健康 | 第14-15页 |
| 1.3 脂肪酸组成与猪肉品质 | 第15页 |
| 2 复杂性状遗传解析 | 第15-24页 |
| 2.1 QTL定位 | 第16页 |
| 2.2 全基因组关联分析 | 第16-18页 |
| 2.3 精细定位和候选功能突变位点的鉴定 | 第18-23页 |
| 2.3.1 基因型填充方法 | 第18-20页 |
| 2.3.2 单倍型共享方法 | 第20-21页 |
| 2.3.3 贝叶斯方法 | 第21-23页 |
| 2.3.4 位点的功能注释和候选因果突变的筛选 | 第23页 |
| 2.4 系统生物学分析方法 | 第23-24页 |
| 3 脂肪酸性状的遗传学研究进展 | 第24-28页 |
| 3.1 人类脂肪酸性状遗传学研究进展 | 第24-25页 |
| 3.2 牛羊等农业动物脂肪酸性状遗传学研究进展 | 第25页 |
| 3.3 猪脂肪酸性状遗传学研究进展 | 第25-28页 |
| 3.3.1 猪脂肪酸性状的QTL定位 | 第25-26页 |
| 3.3.2 猪脂肪酸性状的GWAS分析 | 第26-27页 |
| 3.3.3 猪脂肪酸性状的精细定位 | 第27-28页 |
| 3.3.4 猪脂肪酸性状的eQTL分析 | 第28页 |
| 4 本研究的内容和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 全基因组关联分析解析多个群体脂肪酸性状遗传学基础 | 第30-45页 |
| 1 引言 | 第30页 |
| 2 材料与方法 | 第30-33页 |
| 2.1 实验群体 | 第30-31页 |
| 2.2 表型测定 | 第31-32页 |
| 2.3 全基因组60KSNP芯片扫描与质量控制 | 第32页 |
| 2.4 表型相关性分析 | 第32页 |
| 2.5 GWAS分析 | 第32-33页 |
| 2.6 位置候选基因的鉴别 | 第33页 |
| 3 结果和讨论 | 第33-44页 |
| 3.1 脂肪酸表型的遗传力估计和表型相关性分析结果 | 第33-34页 |
| 3.2 二花脸、莱芜和杜长大群体的GWAS分析结果 | 第34-39页 |
| 3.3 群体共享和群体特异的QTL | 第39页 |
| 3.4 目的区域内候选基因的鉴别 | 第39-42页 |
| 3.5 染色体水平的QTL | 第42-44页 |
| 4 小结 | 第44-45页 |
| 第三章 基于1.4M SNP芯片精细定位二花脸和巴马香群体中影响脂肪酸的基因位点 | 第45-60页 |
| 1 引言 | 第45-46页 |
| 2 材料和方法 | 第46-47页 |
| 2.1 实验群体 | 第46页 |
| 2.2 表型测定 | 第46页 |
| 2.3 芯片扫描、基因填充和质量控制 | 第46-47页 |
| 2.4 统计分析 | 第47页 |
| 3 结果和讨论 | 第47-59页 |
| 3.1 表型和基因型汇总 | 第47-49页 |
| 3.2 基于1.4M芯片的GWAS结果汇总 | 第49-52页 |
| 3.3 1.4M芯片提高了GWAS分析的功效 | 第52页 |
| 3.4 条件GWAS分析揭示多个影响脂肪酸性状的位点 | 第52-54页 |
| 3.5 标记辅助选择优化脂肪酸组成 | 第54-55页 |
| 3.6 精细定位和候选基因的鉴别 | 第55-59页 |
| 4 小结 | 第59-60页 |
| 第四章 基于多个群体全基因组基因型填充数据的关联分 析精细定位影响脂肪酸的基因位点 | 第60-80页 |
| 1 引言 | 第60-61页 |
| 2 材料和方法 | 第61-64页 |
| 2.1 实验群体 | 第61页 |
| 2.2 样品采集和表型测定 | 第61页 |
| 2.3 基因型和质量控制 | 第61页 |
| 2.4 基因型填充 | 第61-62页 |
| 2.5 GWAS和Meta-analysis | 第62页 |
| 2.6 主效位点精细定位 | 第62-63页 |
| 2.7 主效位点单倍型分析 | 第63页 |
| 2.8 候选基因表达水平分析 | 第63-64页 |
| 2.9 SNP功能注释、基因网络和基因富集分析 | 第64页 |
| 3 结果和讨论 | 第64-79页 |
| 3.1 表型描述性统计量及SNP基因型 | 第64页 |
| 3.2 基因型填充后单个群体的GWAS分析结果汇总 | 第64-70页 |
| 3.2.1 白色杜洛克×二花脸F_2群体 | 第68页 |
| 3.2.2 苏太群体 | 第68页 |
| 3.2.3 杜长大群体 | 第68-69页 |
| 3.2.4 莱芜群体 | 第69-70页 |
| 3.2.5 二花脸群体 | 第70页 |
| 3.2.6 巴马香群体 | 第70页 |
| 3.3 基因型填充后Meta分析结果汇总 | 第70-71页 |
| 3.4 单倍型分析解析群体共享和群体特异的主效QTL | 第71-74页 |
| 3.5 主效位点精细定位结果汇总 | 第74-76页 |
| 3.6 候选基因在多个组织中表达水平的比较 | 第76-78页 |
| 3.7 SNP功能注释、蛋白质互作网络和基因富集分析 | 第78-79页 |
| 4 小结 | 第79-80页 |
| 第五章 肝脏和肌肉转录组分析揭示与脂肪酸性状相关的基因和代谢通路 | 第80-94页 |
| 1 引言 | 第80页 |
| 2 材料和方法 | 第80-85页 |
| 2.1 实验动物 | 第80-81页 |
| 2.2 样品采集与表型测定 | 第81页 |
| 2.3 DNA提取及猪60KSNP芯片扫描 | 第81页 |
| 2.4 RNA提取和数字基因表达谱测序 | 第81-83页 |
| 2.5 数字基因表达谱测序数据分析 | 第83页 |
| 2.6 基因表达水平和脂肪酸组成相关性(QTT)分析 | 第83-84页 |
| 2.7 WGCNA构建基因共表达网络 | 第84-85页 |
| 2.8 基因富集分析 | 第85页 |
| 3 结果 | 第85-92页 |
| 3.1 脂肪酸显著相关的QTT及其富集分析 | 第85-88页 |
| 3.2 WGCNA构建基因共表达网络 | 第88页 |
| 3.3 基因模块与脂肪酸组成相关性分析 | 第88页 |
| 3.4 基于脂肪酸组成的关联基因模块的基因富集分析 | 第88页 |
| 3.5 显著模块的基因网络分析 | 第88-90页 |
| 3.6 整合eQTL分析 | 第90-92页 |
| 4 讨论 | 第92-93页 |
| 5 小结 | 第93-94页 |
| 全文总结与展望 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-108页 |
| 附录 | 第108-159页 |
| 附录1 五个群体12种脂肪酸性状GWAS荟萃分析的曼哈顿图 | 第108-109页 |
| 附录2 GWAS在二花脸、莱芜和杜长大群体中鉴别到影响脂肪酸性状的显著位点 | 第109-112页 |
| 附录3 用于设计1.4MSNP芯片的188个个体重测序数据来源 | 第112-113页 |
| 附录4 两个群体36个脂肪酸组成和代谢性状的表型描述性统计结果 | 第113-115页 |
| 附录5 两个群体中影响脂肪酸组成和代谢性状的显著位点(P<1×10~(-6))汇总 | 第115-118页 |
| 附录6 QTL检测功效和GWAS假阳性的估计 | 第118-119页 |
| 附录7 C20:0/C18:0和C20:4N-6/C20:3N-6的荟萃分析结果 | 第119-121页 |
| 附录8 六个群体38个脂肪酸组成和代谢性状的表型描述性统计结果 | 第121-123页 |
| 附录9 六个群体基因型填充后变异位点的等位基因频率分布 | 第123-124页 |
| 附录10 六个群体中影响脂肪酸组成和代谢性状的显著位点(P<5×10~(-08))汇总 | 第124-130页 |
| 附录11 六个群体GWAS荟萃分析鉴别到与脂肪酸组成和代谢性状相关的显著位点(P<5×10~(-08))汇总 | 第130-139页 |
| 附录12 F2群体背最长肌和腹脂脂肪酸组成描述性统计结果 | 第139-141页 |
| 附录13 肝脏组织中与脂肪酸性状显著关联的QTTS | 第141-147页 |
| 附录14 肌肉组织中与脂肪酸性状显著关联的QTTS | 第147-152页 |
| 附录15 肝脏组织QTTS的基因富集分析结果 | 第152-155页 |
| 附录16 肌肉组织QTTS的基因富集分析结果 | 第155-156页 |
| 附录17 个人简历 | 第156-157页 |
| 附录18 攻读学位期间发表的学术论文 | 第157-159页 |
| 致谢 | 第159-160页 |
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