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细胞内蛋白质相互作用组定量研究新方法的建立及其应用
 
     论文目录
 
摘要第5-7页
ABSTRACT第7-8页
第一章 绪论第13-36页
    1.1 蛋白质相互作用组与蛋白质相互作用网络第13-14页
    1.2 细胞内蛋白质相互作用检测技术第14-22页
        1.2.1 酵母双杂交及其衍生技术第14-17页
        1.2.2 荧光共振能量转移技术第17-19页
        1.2.3 蛋白质片段互补及其衍生技术第19-22页
    1.3 细胞内蛋白质相互作用组检测技术第22-26页
        1.3.1 高通量酵母双杂交技术第22-24页
        1.3.2 亲和纯化质谱技术第24-26页
    1.4 细胞内蛋白质相互作用组研究方法的最新进展第26-29页
    1.5 细胞内不同蛋白质相互作用间的互相影响及其功能第29-34页
        1.5.1 Ras超家族蛋白的多路复用模型第29-32页
        1.5.2 酵母高渗信号通路(HOG)的频率信号感知模型第32-34页
        1.5.3 细菌CpxRA双组分系统的信号调控模型第34页
    1.6 小结第34-36页
第二章 基于DNA序列识别的细胞内蛋白质相互作用定量检测新方法的建立第36-65页
    2.1 蛋白质二聚化足迹法(PdF)的检测原理与方法设计第36-43页
        2.1.1 基于核酸的分子检测技术的优势及应用第36-37页
        2.1.2 λ噬菌体CI蛋白的结构与功能第37页
        2.1.3 基于λ噬菌体CI蛋白DNA结合结构域的蛋白质二聚化识别第37-42页
        2.1.4 PdF方法对蛋白质二聚化的识别第42-43页
    2.2 PdF方法中PPI-DNA转码过程的定量模型与验证第43-50页
        2.2.1 PPI-DNA转码过程的模型描述第43-44页
        2.2.2 PPI-DNA转码过程模型的实验约束第44-46页
        2.2.3 PPI-DNA转码过程模型的推导第46-49页
        2.2.4 PPI-DNA转码过程模型的实验验证第49-50页
    2.3 PdF方法的定量检测能力分析第50-54页
        2.3.1 PdF方法的定量能力分析与PPI-DNA转码模型的简化第50-52页
        2.3.2 PdF检测信号与PPI强度的关系第52-53页
        2.3.3 蛋白质表达量对PdF定量检测结果的影响第53-54页
    2.4 PdF方法与其他细胞内PPI检测方法的比较第54-64页
        2.4.1 PdF方法与Y2H方法检测结果的比较第54-57页
        2.4.2 PdF方法与FRET方法检测结果的比较第57-64页
    2.5 小结第64-65页
第三章 在体蛋白质相互作用组定量检测新方法的建立第65-87页
    3.1 蛋白质相互作用组足迹法的检测原理与方法设计第65-70页
        3.1.1 蛋白质相互作用组足迹法(PiF)第65-68页
        3.1.2 基于分子信标的特异性DNA片段定量检测第68-70页
    3.2 多重正交PPI-DNA转码对的设计与筛选第70-77页
        3.2.1 特异性核心序列的设计与筛选第71-73页
        3.2.2 标签序列与间隔序列的设计与验证第73-75页
        3.2.3 分子信标序列的设计与验证第75-77页
    3.3 PiF方法的定量检测能力分析第77-80页
        3.3.1 BAD检测的定量分析第77-79页
        3.3.2 各分子信标在多重检测时对蛋白质二聚化的识别第79-80页
    3.4 利用PiF方法对同一细胞内多个PPI同时检测第80-86页
        3.4.1 对大肠杆菌细胞内多种趋化蛋白质组合进行同时检测第80-82页
        3.4.2 对大肠杆菌EnvZ/OmpR双组分系统中PPI的在体动态变化进行同时检测第82-86页
    3.5 小结第86-87页
第四章 基于微流控芯片的蛋白质相互作用组足迹法第87-99页
    4.1 微液滴技术的优势与应用第87-88页
    4.2 微流控芯片的计算机仿真与设计第88-90页
        4.2.1 基于“流动聚焦”结构芯片的微液滴生成原理第88页
        4.2.2 微流控芯片微液滴生成的计算机仿真第88-90页
    4.3 基于微流控芯片的蛋白质相互作用组足迹法的检测原理与方法设计第90-95页
        4.3.1 微流控芯片的制作与检测平台的安装第90-92页
        4.3.2 基于微流控芯片的蛋白质相互作用组足迹法(mPiF)第92-95页
    4.4 mPiF方法各分子信标在多重检测时对蛋白质二聚化的识别第95-96页
    4.5 利用mPiF方法对细胞中PPI强度分布进行同时检测第96-98页
    4.6 小结第98-99页
第五章 大肠杆菌趋化蛋白复合体的蛋白质相互作用相关性网络研究第99-109页
    5.1 大肠杆菌趋化蛋白复合体的组成与功能第99-100页
    5.2 针对复杂网络的模块响应分析方法第100-101页
    5.3 蛋白质相互作用相关性网络的绘制第101-104页
        5.3.1 蛋白质突变的选择第101页
        5.3.2 利用模块响应分析法计算并绘制PPICN第101-104页
    5.4 基于PPICN的大肠杆菌趋化蛋白复合体的组装动力学第104-108页
        5.4.1 系统描述与数学模型第104-105页
        5.4.2 趋化蛋白复合体中各类二聚体数量的变化第105-108页
    5.5 小结第108-109页
第六章 大肠杆菌双组分系统的蛋白质相互作用相关性网络研究第109-141页
    6.1 大肠杆菌双组分系统的组成与功能第109-110页
    6.2 针对复杂网络的信息论研究方法第110-111页
    6.3 蛋白质相互作用相关性网络的绘制第111-113页
        6.3.1 同时检测双组分系统中各PPI强度的动态变化第111-113页
        6.3.2 利用信息论方法计算并绘制PPICN第113页
    6.4 大肠杆菌双组分系统PPICN的物理意义第113-117页
        6.4.1 双组分系统信息传输速率第113-115页
        6.4.2 双组分系统信息传输的正确率第115-117页
        6.4.3 香农定理与双组分系统的信息传输第117页
    6.5 大肠杆菌双组分系统的频率响应第117-135页
        6.5.1 利用光遗传学检测双组分系统的频率响应曲线第117-123页
        6.5.2 双组分系统信号转导建模与频段带宽计算第123-128页
        6.5.3 双组分系统磷酸化动力学检测第128-131页
        6.5.4 基于双组分系统频率响应的大肠杆菌转录组第131-135页
    6.6 基于mPiF方法的大肠杆菌双组分系统内部噪声分析第135-138页
    6.7 双组分系统PPICN、频率响应以及内部噪声间的关系第138-139页
    6.8 小结第139-141页
第七章 讨论与总结第141-143页
    7.1 PiF技术的未来发展及其应用前景第141页
    7.2 PPICN对生物复杂系统研究的意义及其应用前景第141-143页
参考文献第143-156页
致谢第156-157页
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果第157页

 
 
论文编号BS4145354,这篇论文共157
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