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霍乱弧菌CHN108B菌株全基因组序列的测定及比较基因组学分析
 
     论文目录
 
摘要第4-7页
ABSTRACT第7页
第一章 引言第10-13页
    1.1 微生物基因组测序技术的发展第10-11页
        1.1.1 第一代测序技术第10页
        1.1.2 第二代测序技术第10页
        1.1.3 第三代测序技术第10-11页
    1.2 霍乱弧菌的研究进展第11-13页
        1.2.1 霍乱弧菌的生物学特性第11页
        1.2.2 霍乱弧菌的流行与危害第11-12页
        1.2.3 霍乱弧菌的基因组测序研究进展第12-13页
第二章 霍乱弧菌CHN108B全基因组序列的测定第13-21页
    2.1 主要仪器与设备第13-14页
    2.2 菌株第14页
    2.3 细菌全基因组测序、组装和精细图的制作第14-21页
        2.3.1 测序第14-15页
            2.3.1.1 Roche 454 GS-FLX Titanium测序第14页
            2.3.1.2 ABI公司 3730xl第14-15页
        2.3.2 组装第15页
        2.3.3 完整基因组注释与分析第15-18页
            2.3.3.1 开放阅读框的预测第15-16页
            2.3.3.2 基因功能注释第16-18页
            2.3.3.3 RNA的预测第18页
            2.3.3.4 假基因的预测第18页
            2.3.3.5 其他元件的预测第18页
        2.3.4 比较基因组学分析第18-20页
            2.3.4.1 基因组序列共线性比较第18-19页
            2.3.4.2 确定核心基因和独立基因第19页
            2.3.4.3 超级整合子的预测第19-20页
            2.3.4.4 整合性接合元件的预测和分析第20页
            2.3.4.5 进化树制作第20页
        2.3.5 全基因组序列的提交第20-21页
第三章 结果与分析第21-87页
    3.1 霍乱弧菌CHN108B全基因组基本特征第21-26页
    3.2 霍乱弧菌CHN108B全基因组共线性分析第26-39页
    3.3 核心基因和独立基因分析第39-41页
    3.4 插入序列分析第41-46页
    3.5 噬菌体分析第46-54页
    3.6 超级整合子第54-56页
    3.7 整合性接合元件第56-65页
    3.8 毒力分析第65-68页
    3.9 抗生素抗性分析第68-70页
    3.10 代谢通路分析第70-81页
    3.11 ABC转运分析第81-84页
        3.11.1 矿物质和有机离子转运(Minerals and organic ion transporters)第81-82页
        3.11.2 低聚糖和多元醇转运(Oligosaccharide and polyol transporters)第82页
        3.11.3 单糖转运转运(Monosaccharide transporters)第82页
        3.11.4 磷酸氨基酸转运(phosphate amino acid transporters)第82-83页
        3.11.5 肽和镍转运(peptide and nickel transporters)第83-84页
        3.11.6 金属阳离子,铁 - 铁载体和维生素B12转运第84页
    3.12 分泌系统分析第84-85页
    3.13 进化树第85-87页
第四章 结论第87-89页
参考文献第89-93页
附录第93-97页
致谢第97页

 
 
论文编号BS3610141,这篇论文共97
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