| 中英文缩略词 | 第8-10页 |
| 中文摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一部分 肺发育增殖基因与肺腺癌和肺鳞癌的预后相关性分析 | 第17-52页 |
| 前言 | 第17-20页 |
| 材料和方法 | 第20-38页 |
| 1. 实验材料 | 第20-22页 |
| 1.1 肺鳞癌和癌旁组织的收集 | 第20页 |
| 1.2 肺腺癌和肺鳞癌组织基因表达谱公共数据的收集 | 第20-21页 |
| 1.3 主要试剂与试剂盒 | 第21页 |
| 1.4 主要仪器与耗材 | 第21-22页 |
| 1.5 主要生物信息学分析软件与网站 | 第22页 |
| 2. 实验方法 | 第22-38页 |
| 2.1 总RNA的提取 | 第22-23页 |
| 2.2 RNA完整性的鉴定 | 第23-25页 |
| 2.3 基因芯片检测mRNA表达谱 | 第25-30页 |
| 2.3.1 样本制备 | 第25页 |
| 2.3.2 cDNA合成 | 第25-26页 |
| 2.3.3 cRNA的合成及荧光标记 | 第26页 |
| 2.3.4 cRNA的纯化 | 第26-27页 |
| 2.3.5 cRNA的定量和质控 | 第27页 |
| 2.3.6 芯片杂交 | 第27-28页 |
| 2.3.7 芯片清洗 | 第28-29页 |
| 2.3.8 芯片扫描和数据提取 | 第29页 |
| 2.3.9 数据预处理和标准化 | 第29-30页 |
| 2.4 数据分析 | 第30-38页 |
| 2.4.1 数据标准化 | 第30页 |
| 2.4.2 PTN1基因在肺发育各阶段和肺癌中的表达模式及GO功能注释 | 第30-36页 |
| 2.4.3 生存分析 | 第36-37页 |
| 2.4.4 相关基因及核心基因的挖掘 | 第37页 |
| 2.4.5 基因共表达网络分析 | 第37-38页 |
| 结果 | 第38-48页 |
| 1. PTN1基因在肺发育各阶段和肺腺癌、肺鳞癌中的表达特征 | 第38-39页 |
| 2. PTN1基因表达与肺腺癌患者预后相关 | 第39-42页 |
| 3. 肺腺癌组织中存在表达上高度相关的基因 | 第42-44页 |
| 4. 肺腺癌组织中存在一组表达上高度相关的核心基因 | 第44-48页 |
| 讨论 | 第48-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 第二部分 结直肠癌上皮间质相互作用的表达谱特征分析 | 第52-93页 |
| 前言 | 第52-54页 |
| 材料和方法 | 第54-68页 |
| 1. 实验材料 | 第54-56页 |
| 1.1 结直肠癌和配对癌旁组织样本的收集 | 第54页 |
| 1.1.1 用于测序的新鲜组织样本 | 第54页 |
| 1.1.2 用于免疫组化的石蜡包埋组织样本 | 第54页 |
| 1.2 抗体 | 第54-55页 |
| 1.3 主要试剂与试剂盒 | 第55页 |
| 1.4 主要仪器与耗材 | 第55-56页 |
| 1.5 主要生物信息学分析软件与数据库 | 第56页 |
| 2. 实验方法 | 第56-68页 |
| 2.1 总RNA的提取 | 第56-57页 |
| 2.2 RNA完整性的鉴定 | 第57页 |
| 2.3 显微切割分离上皮和间质组织 | 第57-58页 |
| 2.4 转录组测序 | 第58-59页 |
| 2.4.1 用于构建文库的RNA提取与检测 | 第58页 |
| 2.4.2 转录组文库构建与检测 | 第58-59页 |
| 2.4.3 上机测序 | 第59页 |
| 2.5 转录组数据生物信息学分析 | 第59-65页 |
| 2.5.1 数据清洗和序列比对 | 第59-60页 |
| 2.5.2 基因表达水平定量 | 第60页 |
| 2.5.3 上皮-间质共表达关系的构建 | 第60-61页 |
| 2.5.4 上皮-间质共表达网络分析 | 第61页 |
| 2.5.5 差异表达基因筛选 | 第61页 |
| 2.5.6 上皮和间质组织中的免疫特征分析 | 第61-65页 |
| 2.6 免疫组织化学染色、评分及统计分析 | 第65-68页 |
| 2.6.1 组织芯片的制备 | 第65-66页 |
| 2.6.2 染色 | 第66-67页 |
| 2.6.3 免疫组化评分及统计 | 第67-68页 |
| 结果 | 第68-88页 |
| 1. 结直肠癌和癌旁的上皮、间质表达谱之间存在明显差异 | 第68-69页 |
| 2. 结直肠癌和癌旁组织上皮-间质共表达网络的结构存在差异 | 第69-72页 |
| 3. 结直肠癌和癌旁组织上皮-间质共表达网络中的重要节点存在差异 | 第72-74页 |
| 4. 上皮-间质共表达网络的可视化及生物学功能注释 | 第74-76页 |
| 5. 结直肠癌和癌旁组织中self-loop蛋白的免疫组化验证 | 第76-82页 |
| 6. 上皮和间质组织的免疫特征分析 | 第82-84页 |
| 7. 结直肠癌上皮-间质组织的免疫相关性分析 | 第84-88页 |
| 讨论 | 第88-92页 |
| 结论 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-106页 |
| 附录 | 第106-132页 |
| 基金资助 | 第132-133页 |
| 已发表与学位论文相关的英文论文 | 第133-134页 |
| 文献综述 | 第134-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
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