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三种双生病毒及其伴随卫星DNA的致病性研究
 
     论文目录
 
致谢第1-7页
中文摘要第7-10页
Summary第10-20页
第一章 文献综述第20-63页
 第一节 双生病毒的分类和基因组组成第20-37页
   ·双生病毒属的划分及基因组结构第20-25页
     ·玉米线条病毒属(Mastrevirus)第20-21页
     ·甜菜曲顶病毒属(Curtovirus)第21页
     ·番茄伪曲顶病毒属(Topocuvirus)第21-22页
     ·菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)第22-25页
   ·双生病毒种的划分第25-27页
     ·Mastrevirus种水平的划分标准第25-26页
     ·Curtovirus种水平的划分标准第26页
     ·Topocuvirus种水平的划分标准第26页
     ·Begomovirus种水平的划分标准第26-27页
   ·双生病毒种下水平的分类标准第27-30页
     ·病毒种下水平的几个概念第27-28页
     ·双生病毒株系和变种的划分第28-30页
   ·双生病毒的命名第30-31页
   ·与双生病毒伴随的卫星DNAβ的分类研究进展第31-33页
     ·与双生病毒伴随的卫星DNAβ种的分类标准第31-33页
     ·与双生病毒伴随的卫星DNAβ的命名第33页
   ·存在问题与展望第33-37页
 第二节 双生病毒的进化与变异第37-49页
   ·双生病毒遗传变异的源泉第37-40页
     ·突变第38页
     ·假重组第38-39页
     ·重组第39-40页
   ·双生病毒的复合侵染第40-41页
   ·双生病毒及其伴随的小分子DNA的进化第41-43页
   ·存在问题与展望第43-49页
 第三节 双生病毒与RNA沉默第49-63页
   ·植物中RNA沉默途径的多样性第49-51页
   ·双生病毒既是RNA沉默的激发子又是其靶标分子第51-53页
   ·双生病毒编码的RNA沉默抑制子第53-57页
     ·双组份Begomoviruses编码的沉默抑制子第53-56页
     ·单组份Begomoviruses编码的沉默抑制子第56页
     ·伴随有卫星DNAβ的单组份Begomoviruses编码的沉默抑制子第56-57页
     ·Curtoviruses编码的沉默抑制子第57页
   ·存在问题与展望第57-63页
第二章 与赛葵黄脉病毒相伴随的卫星DNAβ的变异及其致病性研究第63-78页
 1 材料与方法第63-68页
   ·毒源和植物总DNA的提取第63-65页
   ·田间样品的PCR检测第65页
   ·序列变异和系统进化分析第65-66页
   ·MYVV和DNAβ的侵染性克隆构建第66-67页
   ·农杆菌介导的植物接种第67页
   ·粉虱传毒实验第67-68页
   ·病毒的Southern印迹检测第68页
 2 结果与分析第68-75页
   ·MYVV田间分离物均伴随有DNAβ第68-69页
   ·MYVV DNAβ分子的群体遗传变异第69-71页
   ·MYVV和MYVV DNAβ的致病性和寄主范围测定第71-73页
   ·MYVV与异源DNAβ的互作第73-75页
 3 讨论第75-78页
第三章 中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA的致病性研究第78-140页
 第一节 中国番茄曲叶病毒是一个伴随有卫星DNAβ的双生病毒新种第78-101页
  1 材料与方法第79-87页
   ·毒源和植物总DNA的提取第79页
   ·田间样品的TAS-ELISA和PCR检测第79-80页
   ·病毒全长基因组的克隆和序列测定第80页
   ·DNA-B组份的寻找方法第80-81页
   ·DNAβ全长基因组的克隆和序列测定第81页
   ·病毒基因组序列分析和重组检测第81-82页
   ·ToLCCNV和DNAβ的侵染性克隆构建第82-86页
   ·农杆菌介导的植物接种第86页
   ·病毒的Southern印迹检测第86-87页
  2 结果与分析第87-96页
   ·病毒分离物的抗原表位谱分析第87页
   ·病毒基因组结构与序列分析第87-93页
     ·ToLCCNV与其它双生病毒的分子进化分析第87-90页
     ·ToLCCNV DNAβ与其它DNAβ的分子进化分析第90-92页
     ·ToLCCNV是一个重组病毒第92-93页
   ·ToLCCNV和ToLCCNV DNAβ的致病性和寄主范围测定第93-95页
   ·ToLCCNV与异源DNAβ的互作第95-96页
  3 讨论第96-101页
 第二节 中国番茄曲叶病毒卫星DNA的βC1蛋白的结构与功能研究第101-130页
  1 材料与方法第102-114页
   ·材料第102-103页
     ·植物材料第102页
     ·质粒和菌株第102-103页
     ·抗体第103页
   ·βC1蛋白的生物信息学分析第103页
   ·Overlap-PCR第103-104页
   ·载体构建第104-107页
   ·农杆菌浸润接种第107-109页
   ·GFP荧光观察和拍照第109页
   ·RNA的提取及Northern印迹分析第109-112页
   ·SDS-PAGE电泳和Western印迹分析第112-113页
   ·农杆菌介导的植物接种第113页
   ·病毒的Southern印迹检测第113页
   ·野生型βC1和突变体βC1的亚细胞定位第113-114页
   ·激光共聚焦显微镜观察第114页
  2 结果与分析第114-126页
   ·ToLCCNV DNAβ编码的βC1蛋白为RNA沉默的弱抑制子第114-116页
   ·维持βC1蛋白的RNA沉默抑制子功能的关键氨基酸区域第116-118页
   ·βC1蛋白缺失突变体的侵染性和致病性第118-120页
   ·ToLCCNV DNAβ编码的βC1蛋白及其突变体在烟草表皮细胞中的定位第120-126页
  3 讨论第126-130页
 第三节 中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA侵染组织中small RNA的克隆和鉴定第130-140页
  1 材料与方法第130-134页
   ·材料第130页
   ·RNA的提取及分离低分子量的RNA第130-131页
     ·器皿和容器的处理第131页
     ·植物总RNA的提取第131页
     ·低分子量RNA的分离第131页
   ·割胶回收低分子量的RNA第131-132页
   ·3′-接头连接第132页
   ·5′-接头连接第132页
   ·回收连接产物第132-133页
   ·RT-PCR扩增small RNA第133页
   ·将PCR产物连入Invitrogen的PCR(?)2.1-TOPO载体并导入大肠杆菌TOP 10F′第133-134页
   ·菌落PCR筛选插入片段第134页
   ·Northern印迹杂交第134页
  2 结果与分析第134-137页
   ·small RNA的直接克隆及其大小分布第134-136页
   ·来源于病毒的small RNA的二级结构分析及其在病毒基因组上的分布第136-137页
  3 讨论第137-140页
第四章 泰国番茄黄化曲叶病毒-Y72分离物是一个伴随有卫星DNAβ的单组份双生病毒第140-151页
 1 材料与方法第140-143页
   ·毒源和植物总DNA的提取第140页
   ·DNA-B组份的检测第140-141页
   ·TYLCTHV-Y72的侵染性克隆的构建第141-143页
   ·TYLCTHV-Y72 DNAβ的侵染性克隆的构建第143页
   ·农杆菌介导的植物接种第143页
   ·病毒的Southern印迹检测第143页
 2 结果与分析第143-147页
   ·TYLCTHV-Y72不含有DNA-B组份第143-144页
   ·TYLCTHV-Y72单独侵染可以诱导产生严重症状第144-146页
   ·TYLCTHV的卫星DNAβ可以提高TYLCTHV的核酸积累水平第146-147页
 3 讨论第147-151页
第五章 广西省番茄曲叶病田间复合侵染调查第151-159页
 1 材料与方法第151-152页
   ·毒源和植物总DNA的提取第151页
   ·田间样品的PCR检测第151-152页
   ·田间样品的病毒卫星的Southern印迹检测第152页
   ·田间样品的RCA-PCR检测第152页
 2 结果与分析第152-156页
   ·PCR检测病毒复合侵染第152-153页
   ·卫星DNAβ复合侵染检测第153-156页
 3 讨论第156-159页
全文总结第159-160页
附录A 本论文所用缩写词及中英文对照第160-162页
附录B 本论文所用病毒缩写及中英文对照第162-164页
附录C 常用化学试剂、分子生物学试剂及仪器第164-165页
附录D 本论文常用试剂及缓冲液的配制第165-169页
作者简介第169页

 
 
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