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一、简单接头蛋白PDZK1配体的鉴定，配体间功能性相互联系预测以及验证 二、通过整合机器学习算法预测系统高效鉴定HPV 16 E6相互作用PDZ结构域蛋白 |
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| 论文目录 |
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| 摘要 | 第1-8页 | | Abstract | 第8-10页 | | 第一部分:简单接头蛋白PDZK1配体的鉴定,配体间功能性相互联系预测以及验证 | 第10-89页 | | 第一章 引言 | 第11-15页 | | 第二章:通过酵母双杂交筛选随机多肽库联合高效验证筛选系统全面鉴定PDZK1配体 | 第15-42页 | | 1,前言 | 第15-19页 | | 2,材料和方法 | 第19-42页 | | ·,实验材料 | 第19-24页 | | ·,实验方法 | 第24-34页 | | ·,实验结果 | 第34-42页 | | ·,诱饵蛋白构建及毒性和自激活检测 | 第34页 | | ·,筛选新型随机多肽文库获得阳性克隆 | 第34-35页 | | ·,高效验证筛选获得阳性克隆 | 第35页 | | ·,PDZK1四个PDZ结构域结合特性分析及配体鉴定 | 第35-41页 | | ·,讨论 | 第41-42页 | | 第三章:利用文献挖掘预测配体间功能相互联系的建立及其评价 | 第42-63页 | | 1,前言 | 第42-44页 | | 2,材料和方法 | 第44-47页 | | ·,配体蛋白功能信息检索 | 第44页 | | ·,文献挖掘方法 | 第44-45页 | | ·,检索具有类似功能模式配体计算方法 | 第45-47页 | | ·,通过功能相关系数发现配体间联系方法 | 第47页 | | 3,实验结果 | 第47-63页 | | ·,评价预测体系选择蛋白 | 第47页 | | ·,基于精确检索进行配体预测体系结果的评价 | 第47-52页 | | ·,基于模糊检索进行配体预测体系结果的评价 | 第52-56页 | | ·,利用预测体系对PDZK1配体间相互联系进行预测 | 第56-62页 | | ·,对预测体系准确度评价 | 第62-63页 | | 第四章:文献挖掘预测的功能相关配体进行酵母三杂交实验及其细胞内验证 | 第63-82页 | | 1,前言 | 第63-66页 | | 2,材料和方法 | 第66-75页 | | ·,酵母三杂交实验 | 第66-67页 | | ·,细胞学实验 | 第67-75页 | | 3,实验结果 | 第75-82页 | | ·,酵母三杂交验证结果 | 第75-76页 | | ·,在HeLa细胞中进行验证相互作用的阻断 | 第76-82页 | | 第五章:讨论 | 第82-84页 | | 参考文献 | 第84-89页 | | 第二部分:利用整合机器学习算法预测系统高效鉴定HPV 16 E6相互作用PDZ结构域蛋白 | 第89-104页 | | 1,前言 | 第90-93页 | | 2,材料和方法 | 第93-98页 | | ·整合机器学习算法预测HPV 16 E6相互作用PDZ结构域:基于matlab软件平台的PDZ domain-ligand相互作用预测系统(Version 2.0) | 第93-95页 | | ·,使用前的说明: | 第93页 | | ·,系统特点: | 第93页 | | ·,使用方法: | 第93-95页 | | ·,构建预测所得PDZ结构域酵母双杂交诱饵载体 | 第95页 | | ·,通过酵母双杂交验证预测所得HPV 16 E6相互作用PDZ结构域 | 第95-96页 | | ·,HPV 16 E6全长蛋白和Veli 3全长蛋白原核表达质粒构建 | 第96页 | | ·,原核表达HPV 16 E6和Veli 3蛋白 | 第96-97页 | | ·体外检测HPV 16 E6与Veli 3相互作用(His pull-down) | 第97-98页 | | 3,结果 | 第98-100页 | | ·,整合机器学习算法预测所得HPV 16 E6相互作用PDZ结构域 | 第98页 | | ·,通过酵母双杂交验证预测所得HPV 16 E6相互作用PDZ结构域结果: | 第98-99页 | | ·,体外检测HPV 16 E6与Veli 3相互作用(His pull-down)结果 | 第99-100页 | | 4,讨论 | 第100-102页 | | 参考文献 | 第102-104页 | | 综述:高危型HPV的E6蛋白质与宿主的PDZ蛋白质相互作用研究进展 | 第104-110页 | | 参考文献 | 第108-110页 | | 个人简历 | 第110-111页 | | 在读期间学术成果 | 第111-112页 | | 致谢 | 第112-113页 | | 发表论文 | 第113-125页 |
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