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深圳近海水域可移动遗传因子的宏基因组学分析
 
     论文目录
 
摘要第3-5页
Abstract第5-6页
第1章 绪论第10-18页
    1.1 细菌内可移动遗传因子概述第10-15页
        1.1.1 质粒简介第10-11页
        1.1.2 质粒的属性及特征第11-13页
        1.1.3 质粒的类型及分类第13-14页
        1.1.4 质粒的应用第14-15页
    1.2 选题背景及意义第15-18页
        1.2.1 研究意义第15-16页
        1.2.2 主要研究内容第16-18页
第2章 环境样品的处理与生物信息学方法鉴定质粒流程的建立第18-43页
    2.1 水体样品的采集与模拟压力环境过滤第18-25页
        2.1.1 采样地的选择与样品收集第18页
        2.1.2 构建模拟压力环境筛选细菌第18-20页
        2.1.3 样品基因组提取16S rRNA测序第20-21页
        2.1.4 质粒提取第21-25页
    2.2 质粒测序结果及宏基因组序列拼接优化第25-33页
        2.2.1 宏基因组组装参数k-mer值的优化第26-31页
        2.2.2 宏基因组组装参数reads截取值的优化第31-33页
    2.3 非冗余质粒过滤流程的建立第33-39页
    2.4 样品数据中环状质粒的鉴定第39-40页
    2.5 本章小结第40-43页
第3章 质粒序列的分类及其携带的抗生素抗性基因(Antibiotic resistancegene,AR)、毒力因子(Virulence factor,VR)的鉴定第43-57页
    3.1 16S rRNA测序分析细菌组成第43-45页
        3.1.1 Qiime16S r RNA分析步骤第43页
        3.1.2 16S rRNA分析结果第43-45页
    3.2 基于质粒复制基因对质粒的分类第45-48页
    3.3 质粒携带的抗生素抗性基因的分析第48-51页
    3.4 萘富集组中质粒携带降解基因的分析第51-52页
    3.5 质粒携带的毒力因子分析第52-55页
        3.5.1 样品中主要携带毒力因子的类型第52-54页
        3.5.2 毒力因子在环状质粒中的表现第54-55页
    3.6 本章小结第55-57页
第4章 富集底物、细菌种类与质粒基因之间相关性的探究第57-64页
    4.1 质粒的宿主细菌分析第57-59页
    4.2 各样品组中质粒类型的分布第59-61页
    4.3 不同类型的质粒在细菌宿主中的分布第61-63页
    4.4 本章小结第63-64页
第5章 结论与展望第64-66页
    5.1 主要结论第64页
    5.2 课题展望第64-66页
参考文献第66-73页
附录第73-98页
致谢第98-99页
攻读硕士学位期间的研究成果第99页

 
 
论文编号BS4609757,这篇论文共99
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