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深圳近海水域可移动遗传因子的宏基因组学分析 |
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论文目录 |
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摘要 | 第3-5页 | Abstract | 第5-6页 | 第1章 绪论 | 第10-18页 | 1.1 细菌内可移动遗传因子概述 | 第10-15页 | 1.1.1 质粒简介 | 第10-11页 | 1.1.2 质粒的属性及特征 | 第11-13页 | 1.1.3 质粒的类型及分类 | 第13-14页 | 1.1.4 质粒的应用 | 第14-15页 | 1.2 选题背景及意义 | 第15-18页 | 1.2.1 研究意义 | 第15-16页 | 1.2.2 主要研究内容 | 第16-18页 | 第2章 环境样品的处理与生物信息学方法鉴定质粒流程的建立 | 第18-43页 | 2.1 水体样品的采集与模拟压力环境过滤 | 第18-25页 | 2.1.1 采样地的选择与样品收集 | 第18页 | 2.1.2 构建模拟压力环境筛选细菌 | 第18-20页 | 2.1.3 样品基因组提取16S rRNA测序 | 第20-21页 | 2.1.4 质粒提取 | 第21-25页 | 2.2 质粒测序结果及宏基因组序列拼接优化 | 第25-33页 | 2.2.1 宏基因组组装参数k-mer值的优化 | 第26-31页 | 2.2.2 宏基因组组装参数reads截取值的优化 | 第31-33页 | 2.3 非冗余质粒过滤流程的建立 | 第33-39页 | 2.4 样品数据中环状质粒的鉴定 | 第39-40页 | 2.5 本章小结 | 第40-43页 | 第3章 质粒序列的分类及其携带的抗生素抗性基因(Antibiotic resistancegene,AR)、毒力因子(Virulence factor,VR)的鉴定 | 第43-57页 | 3.1 16S rRNA测序分析细菌组成 | 第43-45页 | 3.1.1 Qiime16S r RNA分析步骤 | 第43页 | 3.1.2 16S rRNA分析结果 | 第43-45页 | 3.2 基于质粒复制基因对质粒的分类 | 第45-48页 | 3.3 质粒携带的抗生素抗性基因的分析 | 第48-51页 | 3.4 萘富集组中质粒携带降解基因的分析 | 第51-52页 | 3.5 质粒携带的毒力因子分析 | 第52-55页 | 3.5.1 样品中主要携带毒力因子的类型 | 第52-54页 | 3.5.2 毒力因子在环状质粒中的表现 | 第54-55页 | 3.6 本章小结 | 第55-57页 | 第4章 富集底物、细菌种类与质粒基因之间相关性的探究 | 第57-64页 | 4.1 质粒的宿主细菌分析 | 第57-59页 | 4.2 各样品组中质粒类型的分布 | 第59-61页 | 4.3 不同类型的质粒在细菌宿主中的分布 | 第61-63页 | 4.4 本章小结 | 第63-64页 | 第5章 结论与展望 | 第64-66页 | 5.1 主要结论 | 第64页 | 5.2 课题展望 | 第64-66页 | 参考文献 | 第66-73页 | 附录 | 第73-98页 | 致谢 | 第98-99页 | 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第99页 |
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