| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-13页 |
| 目录 | 第13-19页 |
| 第1章 引言 | 第19-31页 |
| §1.1 蛋白质的结构和生物学功能 | 第19-22页 |
| §1.2 昆虫气味结合蛋白 | 第22-24页 |
| §1.3 蛋白质折叠与人类疾病 | 第24-25页 |
| §1.4 酶催化反应 | 第25-27页 |
| §1.5 研究目的和研究内容 | 第27-31页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第31-69页 |
| §2.1 量子化学概论 | 第31-36页 |
| §2.1.1 Hartree-Fock 自洽场分子轨道理论 | 第32-33页 |
| §2.1.2 密度泛函理论 | 第33-35页 |
| §2.1.3 半经验计算方法 | 第35-36页 |
| §2.2 分子力学 | 第36-45页 |
| §2.2.1 分子力场简述[95, 96] | 第36-39页 |
| §2.2.2 常用力场介绍 | 第39-41页 |
| §2.2.3 能量最小化 | 第41-45页 |
| §2.3 分子动力学[128, 129] | 第45-55页 |
| §2.3.1 基本理论[10] | 第46-47页 |
| §2.3.2 牛顿运动方程式的数值解法[133, 134, 140-145] | 第47-50页 |
| §2.3.3 分子动力学计算流程 | 第50-51页 |
| §2.3.4 初始化 | 第51-54页 |
| §2.3.5 长程静电力[149] | 第54-55页 |
| §2.4 分子对接方法[97] | 第55-57页 |
| §2.5 复制交换分子动力学模拟[159] | 第57-60页 |
| §2.6 量子力学分子力学联用方法（QM/MM） | 第60-64页 |
| §2.7 结合自由能计算 | 第64-69页 |
| §2.7.1 FEP 方法基本原理[178] | 第65-66页 |
| §2.7.2 MM-PB/GBSA 方法基本原理[186-190] | 第66-69页 |
| 第3章 pH 值对昆虫气味结合蛋白影响的研究 | 第69-99页 |
| §3.1 pH 值降低诱导昆虫气味结合蛋白 CquiOBP1 结构变化及配体释放的分子动力学模拟研究 | 第69-83页 |
| §3.1.1 引言 | 第69-71页 |
| §3.1.2 计算细节 | 第71-73页 |
| §3.1.3 结果与讨论 | 第73-82页 |
| §3.1.4 本节小结 | 第82-83页 |
| §3.2 pH 降低诱导昆虫气味结合蛋白 AaegOBP1 结构变化及配体释放的分子动力学模拟研究 | 第83-97页 |
| §3.2.1 引言 | 第83-84页 |
| §3.2.2 计算细节 | 第84-86页 |
| §3.2.3 结果与讨论 | 第86-96页 |
| §3.2.4 本节小结 | 第96-97页 |
| §3.3 本章小结 | 第97-99页 |
| 第4章 突变导致 SH3 蛋白去折叠过程的拟研究 | 第99-119页 |
| §4.1 引言 | 第99-101页 |
| §4.2 计算细节 | 第101-105页 |
| §4.2.1 初始模型的构建 | 第101-102页 |
| §4.2.2 常规分子动力学模拟 | 第102-103页 |
| §4.2.3 相关性分析 | 第103-104页 |
| §4.2.4 聚类分析 | 第104页 |
| §4.2.5 复制交换分子动力学 | 第104-105页 |
| §4.3 结果与讨论 | 第105-117页 |
| §4.3.1 SH3 蛋白的常规分子动力学模拟 | 第105-108页 |
| §4.3.2 相关性分析 | 第108-109页 |
| §4.3.3 聚类分析 | 第109-114页 |
| §4.3.4 SH3 蛋白内部的氢键网络 | 第114-115页 |
| §4.3.5 SH3 蛋白的复制交换分子动力学 | 第115-117页 |
| §4.4 本章小结 | 第117-119页 |
| 第5章 几种新型结核病药物的药效比较研究 | 第119-133页 |
| §5.1 引言 | 第119-121页 |
| §5.2 计算细节 | 第121-123页 |
| §5.2.1 初始模型构建 | 第121页 |
| §5.2.2 分子动力学模拟 | 第121-122页 |
| §5.2.3 结合自由能计算 | 第122-123页 |
| §5.2.4 结合自由能分解 | 第123页 |
| §5.3 结果与讨论 | 第123-131页 |
| §5.3.1 DHQ2-Mt 与抑制剂复合物的动力学模拟 | 第123-125页 |
| §5.3.2 结合自由能计算 | 第125-126页 |
| §5.3.3 能量分解比较 | 第126-127页 |
| §5.3.4 对配体结合重要的 loop 区域 | 第127-129页 |
| §5.3.5 氢键与结合模式分析 | 第129-131页 |
| §5.4 本章小结 | 第131-133页 |
| 第6章 突变导致二氢蝶酸合酶耐药性的研究 | 第133-147页 |
| §6.1 引言 | 第133-134页 |
| §6.2 计算细节 | 第134-137页 |
| §6.2.1 初始模型的构建 | 第134-135页 |
| §6.2.2 分子动力学模拟 | 第135页 |
| §6.2.3 结合自由能计算 | 第135-136页 |
| §6.2.4 相关性分析 | 第136-137页 |
| §6.3 结果与讨论 | 第137-146页 |
| §6.3.1 野生型和突变体 BaDHPS 复合物的动力学模拟 | 第137-138页 |
| §6.3.2 相关性分析 | 第138-139页 |
| §6.3.3 结合自由能计算与能量分解 | 第139-141页 |
| §6.3.4 突变对配体结合的影响 | 第141-146页 |
| §6.4 本章小结 | 第146-147页 |
| 第7章 人类甘油二磷酸变位酶反应机理的 QM/MM 分子动力学模拟计算 | 第147-167页 |
| §7.1 引言 | 第147-149页 |
| §7.2 计算细节 | 第149-153页 |
| §7.2.1 初始体系的建立 | 第149-150页 |
| §7.2.2 分子动力学模拟 | 第150页 |
| §7.2.3 QM/MM metadynamics 模拟 | 第150-152页 |
| §7.2.4 QM/MM 伞形取样动力学模拟 | 第152-153页 |
| §7.3 结果与讨论 | 第153-165页 |
| §7.3.1 人类甘油二磷酸变位酶与底物 2,3-BPG 复合物的动力学模拟 | 第153-155页 |
| §7.3.2 hBPGM 的磷酸酶活性 | 第155-160页 |
| §7.3.3 hBPGM 的合酶活性 | 第160-163页 |
| §7.3.4 活性位点其它重要的氨基酸残基 | 第163-165页 |
| §7.4 本章小结 | 第165-167页 |
| 参考文献 | 第167-211页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第211-214页 |
| 致谢 | 第214页 |
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