我国长期以来实行“多龙管水”，缺乏一个统管全国水资源的行政主管部门，使水资源管理处于各自为政的状态。1988年，新中国第一部水法的颁布，明确了国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理工作。各级人民政府水行政主管部门负责本辖区内水资源的统一管理工作，并在全国范围内建立起取水许可制度等多项水管理的基本制度，初步建立了从中央到地方的水法规体系和水行政执法队伍，使我国水资源走上了依法管理的轨道。
   　　但是，由于当时受立法环境的限制以及认识上的局限性，原水法在水资源管理体制方面规定的“统一管理与分级、分部门管理相结合的制度”是有缺陷的，在执行中又有不同的理解，矛盾层出不穷，各方面反映强烈。1997年全国人大常委会组织对水法实施情况进行执法检查时指出：“水资源是宜统一管理和分级管理，不宜分部门管理。必须按照流域进行统一管理的原则，建立以流域为单元对水资源实行统一规划，统一配置，统一监督管理的体制”。“鉴于目前我国水资源的严峻形势，必须尽快改变水资源分割管理体制”。1998年，国务院在机构改革中调整了政府部门的职责权限，将有关部门过去承担的部分水行政管理职能，移交给水行政主管部门，以克服多头管理，政出多门的弊端。这些意见和规定，为修改水法和水资源管理体制，提供了重要依据。加强水资源的统一管理，改革水管理体制是现代水法的重要内容，也是我国这次修改水法的重点。